[发明专利]一种融合基因原位检测方法、试剂盒及其应用

权利要求书

1.一种融合基因原位检测方法，所述融合基因至少包括第一基因和第二基因，其特征在于，所述方法包括：

步骤一：通透细胞；

步骤二：基因组DNA的平末端处理，暴露平末端；

步骤三：暴露融合基因DNA；

步骤四：探针锁定；

步骤五：信号放大；

步骤六：信号检测。

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，步骤二中，spacer guide RNA和Cas蛋白识别第一基因和/或第二基因位点，将第一或第二基因位点处的基因组DNA平末端化，暴露平末端。

3.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，步骤三通过核酸外切酶从平末端开始降解双链DNA 5`-3`方向的单链DNA，保留另一条基因组单链DNA。

4.如权利要求3所述的检测方法，其特征在于，步骤四中，基因检测探针与融合基因结合，包括第一基因检测探针和/或第二基因检测探针，所述第一基因检测探针与第一基因单链基因组DNA结合，所述第二基因检测探针与第二基因单链基因组DNA结合，同时在连接酶的作用下，基因检测探针发生环化，形成环化探针。

5.如权利要求4所述的检测方法，其特征在于，步骤五中，所述环化探针以单链基因组DNA结合位置为起点，在聚合酶的作用下进行自我复制，产生大量的含重复序列的单链DNA；步骤六中，荧光探针结合在含重复序列的单链DNA上。

6.如权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征在于，所述第一基因为ETV6，所述第二基因为NTRK3，所述spacer guide RNA序列包含ETV6基因的识别序列或NTRK3基因的识别序列。

7.如权利要求6所述的检测方法，其特征在于，所述基因检测探针包括ETV6检测探针和/或NTRK3基因检测探针。

8.如权利要求7所述的检测方法，其特征在于，所述ETV6检测探针为Seq ID NO:5或SeqID NO:6所示的核苷酸序列；所述NTRK3基因检测探针为Seq ID NO:7或Seq ID NO:8所示的核苷酸序列。

9.一种融合基因原位检测试剂盒，所述融合基因至少包括第一基因和第二基因，其特征在于，通过权利要求1-8任一项所述的方法对第一基因和第二基因进行检测，包括通透处理体系、平末端处理体系、目的核酸暴露处理体系、探针锁定处理体系、信号放大处理体系、信号检测处理体系和洗液处理体系。

10.如权利要求1-8任一项所述的融合基因原位检测方法及权利要求9所述的融合基因原位检测试剂盒，在癌细胞基因融合表达检测中的应用。