[发明专利]用于RNA-染色质相互作用分析的组合物及其用途

权利要求书

1.一种试剂盒，其包含修饰的RNA接头，所述修饰的RNA接头包含：

(i)第一多核苷酸；和，

(ii)第二多核苷酸，

其中所述第一多核苷酸和所述第二多核苷酸形成侧接基因组DNA连接相容末端和在所述第一多核苷酸3’-末端的3’-悬端的双链区域，其中所述3’-悬端包含随机序列引物，任选地，所述随机序列引物包含4、5、6、7、8或更多个核苷酸，并且其中所述双链区域包含第一限制性内切酶的第一识别位点和第二限制性内切酶的第二限制性位点。

2.权利要求1的试剂盒，其中所述基因组DNA连接相容末端：

(1)是平端，任选地防止自身连接的去磷酸化的平端；或，

(2)包含限制性内切酶(RE)位点，其可以被所述RE切割以产生平端；任选地，所述基因组DNA连接相容末端具有不相容悬端，其在被所述RE切割之前防止自身连接。

3.权利要求1的试剂盒，其中所述修饰的RNA接头：

(1)不通过所述3’-悬端或所述基因组DNA连接相容末端自身连接；或

(2)包含区分所述修饰的RNA接头与其它修饰的RNA接头的独特序列，任选地，所述独特序列是条码。

4.权利要求1的试剂盒，其中所述第一多核苷酸和所述第二多核苷酸是：

(1)在单独的容器中提供；

(2)合成的多核苷酸；

(3)冷冻干燥的或冻干的形式；

(4)在水或合适的缓冲溶液中；或，

(5)在相同容器中组合，任选地冻干或在溶液中，和任选地以1:1的摩尔比。

5.权利要求1的试剂盒，其中所述第二多核苷酸基本上是同质的或纯的，并且

(1)所述第一多核苷酸3’-末端在3’-悬端区域中包含随机序列引物；或，

(2)所述第一多核苷酸在随机序列引物区域包含相同的序列。

6.权利要求1的试剂盒，其中所述第一限制性内切酶是II型限制性内切酶(RE)，

任选地，所述第一限制性内切酶在所述第一识别位点之外，所述随机序列引物的3’侧进行切割；

任选地，所述第一限制性内切酶是MmeI，和任选地，所述第一识别位点接近于包含所述随机序列引物的所述3’悬端，和所述第一识别位点的位置和定向使得当MmeI切割时，任选地在源自连接的ncRNA的cDNA中，产生在所述随机序列引物之外具有2bp悬端的18-bp片段；或

任选地，所述第一识别位点的最后一个核苷酸是所述随机序列引物的5’侧的最后一个碱基配对的核苷酸。

7.权利要求1的试剂盒，其中所述第二限制性内切酶是II型限制性内切酶(RE)，和所述双链区域在所述基因组DNA连接相容末端处或靠近所述基因组DNA连接相容末端包含所述第二识别位点；

任选地，所述第二RE切割所述第二识别位点的3’侧和所述第一多核苷酸的5’侧；和，

任选地，所述第二(II型)限制性内切酶的所述第二识别位点的最后一个核苷酸是所述连接相容/平端处的碱基配对的核苷酸。

8.权利要求1的试剂盒，其中所述第一多核苷酸和/或所述第二多核苷酸是去磷酸化的，或其中所述第一多核苷酸和所述第二多核苷酸中的一个或多个是DNA，或包含修饰的核苷酸，例如生物素化的T(胸苷)。