[发明专利]基于临床样本的染色质可及性数据分析方法

说明书

本申请涉及一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法，以ATAC‑seq测序数据的研究作为出发点，以临床样本的应用为着眼点，构建了一个整合多种功能的ATAC‑seq测序数据分析流程。该流程既包含对单个临床样本的ATAC‑seq测序数据进行初步分析，也可对多组临床样本的ATAC‑seq测序数据进行全面分析，更包含了临床研究所需的转录因子分析及拷贝数变异分析等。本发明为临床多组间的染色质可及性数据分析，为寻找对应的临床生物标记物，以及针对临床病症用药具有积极作用。

技术领域

本申请涉及ATAC-seq技术领域，特别是涉及一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法。

背景技术

染色质可及性直接提供了RNA聚合酶、转录因子与DNA的结合，增强子和其他多种调节基因转录进程的信息。近年来，ATAC-seq在生物学或临床学的研究中的应用越来越多，如研究正常人和病人个性化的染色质开放状态的动态调控，细胞分化和发育等领域。ATAC-seq方法可以在使用较少的细胞量下，达到较高的坚持灵敏度，因此成为了当下染色质可及性最广泛使用的试验方法

然而，随着ATAC-seq技术的推广，针对经ATAC-seq测序后输出的数据却乏数据分析方法。现有一些传统的ATAC-seq测序数据的分析方法，只是简单的对经ATAC-seq测序后输出的数据进行预处理与整合，缺少对这些数据的后续的分析方法，尤其是缺少可用于临床样本的全面分析多样品组之间的ATAC-seq测序数据的分析方法。

发明内容

基于此，有必要针对缺少可用于临床样本的全面分析多样品组之间的ATAC-seq测序数据的分析方法的问题，提供一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法。

本申请提供一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法，包括：

设定多个样本组，每个样本组包括多个临床样本；

获取每一个临床样本经ATAC-seq测序后输出的原始测序文件；

对所述原始测序文件进行数据处理，并对经数据处理后的原始测序文件进行质量控制分析，生成测序质量控制分析结果，并将所述测序质量控制分析结果可视化；

获取每一个样本组的开放区域，并对每一个样本组的染色质开放区域进行信息注释；

依据每一个样本组的开放区域，对多个样本组之间进行差异性分析、聚类分析、以及多组间相似性分析；

依据前一步骤的分析结果，进行转录因子的富集分析，寻找富集的转录因子；

选取与预设研究方向相关的转录因子，并对其进行结合印记分析；

对每一个临床样本的原始测序文件进行去卷积化，获取每一个临床样本中，不同种类细胞的细胞数量占细胞总数的百分比；

对每一个临床样本的原始测序文件进行CNV分析，获取不同临床样本之间的DNA片段差异信息，并将不同临床样本之间的DNA片段差异信息可视化。

本申请涉及一种基于临床样本的染色质可及性数据分析方法，以ATAC-seq测序数据的研究作为出发点，以临床样本的应用为着眼点，构建了一个整合多种功能的ATAC-seq测序数据分析流程。该流程既包含对单个临床样本的ATAC-seq测序数据进行初步分析，也可对多组临床样本的ATAC-seq测序数据进行全面分析，更包含了临床研究所需的转录因子分析及拷贝数变异分析等。本发明为临床多组间的染色质可及性数据分析，为寻找对应的临床生物标记物，以及针对临床病症用药具有积极作用。

附图说明

图1为本申请一实施例提供的基于临床样本的染色质可及性数据分析方法的方法流程图；

图2为本申请一实施例提供的基于临床样本的染色质可及性数据分析方法中的转录起始位点富集分析图；