[发明专利]一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域。本发明所述的分子标记是通过对大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡组建的F2代资源群体741只试验鸡进行全基因组关联(GWAS)分析得到，在鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本3号染色体上的第33788344bp处有一个TC的核苷酸单碱基突变(命名为：Chr.333788344TC)，定位在其附近的基因为细胞运动介质1（mediator of cell motility 1，MEMO1）基因，突变显著影响了鸡的法氏囊指数。本发明公开了该分子标记的获得及应用。本发明还提供了一种影响鸡法氏囊指数的分子标记基因分型检测方法，利用该方法对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于鸡免疫性能遗传改良中，从而提高鸡的免疫性能。

技术领域

本发明涉及分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域，特别涉及一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用。

背景技术

我国是世界上的养鸡大国，每年出栏家鸡超过80亿羽，因疾病而导致家鸡生产的经济损失约300亿元。家禽免疫性能直接影响家禽疾病的发生，研究家禽免疫性状的遗传机制可为抗病育种奠定基础。尤其是有效利用一些地方品种具有较强的抗病性状开展抗病育种，筛选和培育出抗病品种(系)，从根本上提高家鸡抗病能力对于全面提高养鸡业生产水平和效益尤为重要。随着高通量测序技术的发展，大量的研究探索了家禽抗病性状的遗传机制，筛选和鉴定了与抗病性和抗逆性相关的候选基因和分子标记，以及涉及到的信号通路。但免疫性状由于测定成本高、病原类型多变等原因，免疫性状的功能基因鉴定仍是难点。

免疫系统是动物机体实现免疫功能的主要方式，机体的免疫系统是动物机体在长期的进化过程中形成的相互作用的细胞网络，是机体形成的一个比较完备的重要防御体系，其中包括免疫分子、免疫细胞和免疫器官。其中，胸腺、法氏囊、脾脏作为禽类主要的免疫器官，是家禽执行免疫功能的重要结构。且免疫器官指数反映了机体主要免疫器官的生长发育程度，是衡量免疫功能的重要指标，免疫器官指数的提高意味着免疫系统成熟快。其中，法氏囊是禽类的中枢免疫器官，可产生B淋巴细胞，从而产生特异性抗体来完成特定的免疫应答。因此，法氏囊指数是家鸡免疫性能选育中重要的表型性状。

在当前畜牧业饲料端全面禁抗，养殖端也进入减抗、限抗时代，采用全基因组关联分析的方法，开展以抗病性为重点的相关遗传机理研究，找到与家鸡法氏囊指数相关的SNP分子标记，深入挖掘地方鸡抗病性状的功能基因和多态位点，可促进抗病性状选育进度，进而节省新品系选育的成本，支撑家禽产业持续健康发展。发明内容

鉴于以上研究背景，本发明的首要目的在于提供一个与鸡法氏囊指数相关的SNP分子标记及其应用。本发明基于云南地方鸡种与隐性白洛克肉鸡F2代资源群体，运用全基因组关联分析的方法寻找与鸡法氏囊指数相关的SNP分子标记，以此作为鸡法氏囊指数相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用。

本发明的另一目的在于提供上述影响鸡法氏囊指数的分子标记在鉴定鸡免疫性能和遗传育种中的应用。

本发明的再一目的在于提供一种影响鸡法氏囊指数的分子标记基因分型检测方法。

本发明的第四个目的在于提供一种影响鸡法氏囊指数的分子标记基因分型在鉴定鸡免疫性能中的应用。

本发明的第五个目的在于提供一种影响鸡法氏囊指数的分子标记基因分型在鸡遗传育种中的应用。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

一种影响鸡法氏囊指数的SNP分子标记的获得方法，其在于下列步骤：

1)组建大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡F2代资源群体，获得741只试验鸡，均于90日龄时测定法氏囊指数；

2)提取F2代群体鸡基因组DNA；

3)构建DNA文库，进行全基因组重测序；