[发明专利]一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用

说明书

本发明提供了一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用，属于分子生物学技术领域，本发明所述中华栉孔虾虎鱼的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述孔虾虎鱼的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。扩增所述的DNA条形码的引物，包括12S‑F299和12S‑R515；所述方法包括以下步骤：提取待鉴别样本的基因组DNA；用所述的引物扩增所述的待鉴别DNA；将扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；确定待鉴别样本的种类。利用本发明提供的DNA条形码鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼结果稳定，可重复性强。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用。

背景技术

中华栉孔虾虎鱼(Ctenotrypauchen chinensis Steindachner,1867)为栉孔虾虎鱼属的唯一物种，隶属于鲈形目(Perciformes)、虾虎鱼亚目(Gobioidei)、虾虎鱼科(Gobiidae)。该物种的模式产地在中国。其主要形态特征为：背鳍VI+50～58；臀鳍42～50；胸鳍14～15；腹鳍I+5；尾鳍17。纵列鳞67～74；横列鳞14～16；体长70～90mm：体长为体高9.6～10.4倍，为头长6.8～7.1倍；头长为吻长3.8～4.2倍，为眼径10～14倍。体延长，颇侧扁。头宽短而高，侧扁。头后中央具一纵棱嵴，幼体嵴的边缘有细锯齿。吻短钝。眼颇小，为皮肤所盖。口小，前位，波曲。下颌弧形突出。两颌各具2行向内弯曲小牙，无犬牙。鳃盖上方具一凹陷，内通盲腔，不与鳃腔相通。体被小圆鳞，头部、项部无鳞，胸部、腹部具分散小鳞。背鳍及臀鳍基部长，均与尾鳍相连。腹鳍小，愈合为一吸盘，后缘不完整，具深凹缺。体淡紫红色或蓝褐色。中华栉孔虾虎鱼在我国主要分布于东海、黄海和渤海，其与孔虾虎鱼(Trypauchen vagina)类似，均为暖水性近岸底层小型鱼类。中华栉孔虾虎鱼虽然无经济价值，但其是本地生态系统的重要组成物种。由于中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼形态较为相似，仅凭借形态特征容易造成误鉴定。因此寻找区分中华栉孔虾虎鱼和孔虾虎鱼的可靠标准，从混杂的个体中鉴别、分离样品成为一个重要问题。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用，本发明采用微型DNA条形码将两种虾虎鱼进行鉴别，操作简单，易于掌握，准确性高；有助于解决种质混杂等问题，为鱼类分类学研究及其多样性保护提供技术支撑。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的DNA条形码，其特征在于，所述中华栉孔虾虎鱼的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述孔虾虎鱼的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。

本发明提供了扩增所述的DNA条形码的引物，包括12S-F299和12S-R515；所述12S-F299的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；所述12S-R515的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

本发明提供了一种利用所述的DNA条形码鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的方法，包括以下步骤：

1)提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA；

2)以步骤1)中获得的待鉴别DNA为模板，以所述的引物进行PCR扩增获得扩增产物；

3)将所述扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；如果所述扩增产物序列和中华栉孔虾虎鱼的DNA条形码一致，则待鉴别样本为中华栉孔虾虎鱼；如果所述扩增产物序列和孔虾虎鱼的DNA条形码一致，则待鉴别样本为孔虾虎鱼。

优选的，步骤2)中所述扩增的扩增体系以25.15μL计，包括以下组分：超纯水17.5μL，10×buffer 2.5μL，dNTPs 2μL，rTaq 0.15μL，待鉴别DNA 1μL，引物12S-F2991μL，引物12S-R5151μL。