[发明专利]用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法及系统

权利要求书

1.一种用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、获取肿瘤样本与对照血液样本的全外显子测序数据；

S2、将所述测序数据与参考基因组的序列比对，得到比对结果；

S3、利用所述比对结果，进行变异检测，得到检测结果；

S4、利用所述检测结果，计算得到肿瘤样本的肿瘤突变负荷、肿瘤内异质性以及每个HLA-I类基因的白细胞抗原杂合性缺失状态和进化差异性；

S5、根据所述每个HLA-I类基因的白细胞抗原杂合性缺失状态校正所述进化差异性，并得到第一校正系数；

S6、对肿瘤样本的肿瘤内异质性转换，得到第二校正系数；

S7、通过所述第一校正系数和第二校正系数计算得到综合生物标志物的肿瘤突变负荷值。

2.根据权利要求1所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S3中，所述检测结果包括肿瘤样本在全外显子范围内的体细胞突变、深度、突变频率、体细胞拷贝数变异信息、肿瘤纯度、肿瘤倍型和HLA-I类基因分型信息。

3.根据权利要求2所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S5中，所述第一校正系数通过如下步骤获取：

S51、对肿瘤样本所有HLA-I类基因的基因进化差异性值取均值；

S52、利用函数公式转换得到第一校正系数，所述第一校正系数的取值范围为[0，1]。

4.根据权利要求3所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S6中，所述第二校正系数通过对肿瘤样本的内异质性转换得到，所述第二校正系数的取值范围为[0，1]。

5.根据权利要求4所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S7中，所述肿瘤突变负荷值通过如下方式计算：将所述第一校正系数、第二校正系数乘以所述肿瘤样本的肿瘤突变负荷，得到综合生物标志物肿瘤突变负荷值。

6.根据权利要求4或5所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述第一校正系数的取值范围为[0.5，1)，所述第二校正系数的取值范围为[0.3，1]。

7.根据权利要求6所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述参考基因组为hg19基因组；所述步骤S2还包括对比对结果去冗余处理的步骤。

8.根据权利要求7所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S3中，通过varscan工具进行体细胞变异检测。

9.根据权利要求8所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S4中，计算得到的肿瘤突变负荷为每Mb编码区域内的非同义体细胞突变个数，肿瘤内异质性为亚克隆突变簇中的体细胞突变数量占所有体细胞突变数量的比值；每个HLA-I类基因的白细胞抗原杂合性缺失状态通过LOHHLA工具检测；所述进化差异性值通过Grantham距离矩阵计算HLA-I类等位基因肽段结合域的序列差异性得到。

10.根据权利要求9所述的用于预测肿瘤免疫治疗效果的生物标志物检测方法，其特征在于，所述步骤S1还包括对全外显子测序数据质控处理的步骤；所述步骤S5中所述校正所述进化差异性为：若白细胞抗原杂合性缺失阳性，则进化差异性设定为0，若白细胞抗原杂合性缺失阴性，则进化差异性保持不变。