[发明专利]一种评估猪背膘厚和眼肌面积的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种评估猪背膘厚和眼肌面积的SNP标记及鉴定方法和用途，该SNP标记在ENSSSCG00000004081基因上，位于国际猪基因组10.2版本参考序列Chromosome1:16,077,935处，具有T/C多态性。本发明所述评估猪背膘厚和100kg眼肌面积相关的SNP标记的确定，可以辅助选择低背膘厚和高眼肌面积的猪优势品种，缩短了育种周期，提高了育种效率和育种精度。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种评估猪背膘厚和眼肌面积的SNP标记、方法和用途。

背景技术

在猪的养殖过程中，生产性能一直是饲养过程中的重要影响因素，直接关系到整个养猪业的经济效益。猪背膘厚和眼肌面积是数量性状，在猪育种中的具有较高的育种价值。因此，有必要对猪背膘厚和眼肌面积性状形成的分子机制进行深入研究，为进行猪基因组育种提供基础。

微效多基因是指影响表型的基因数量众多，但每个基因效应微小，不能把它们个别的作用区别开来的一类基因。微效多基因主要与数量性状有关，对性状的影响有累加作用，而数量性状表型一般呈连续变异的特征，且易受环境影响。发生在单个碱基上的变异表现为单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，此类变异包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记数量很多，且多态性丰富。SNP标记已经广泛应用于分子育种的遗传连锁图构建和候选基因定位，极大地提高了遗传图谱的分辨率以及基因定位的精确度。

相关研究者利用高密度的遗传图谱和适用于特定性状的分离群体在多个群体中定位出控制重要性状的基因和重要数量性状位点(Quantitative Trait Locus,QTL)，目前，通过QTL定位分析以发现了多个与猪生长速度相关的基因，如GH，IGF1，PIT1等。Andersson等利用野公猪与大白猪建立了三个世代的家系，并对生长性状的QTL进行了定位，结果表明第4号染色体上有一个与背膘厚和腹脂相关的QTL，第13号染色体上有一个与生长速度有关的QTL。

在目前研究的候选基因中，以生长激素(Growthhormone，GH)基因，类胰岛素生长因子-1(Insulin-likegrowthfactor-1，IGF-1)基因和PIT1基因等基因的研究较多。早期研究发现，外源生长激素可提高猪的日增重、瘦肉率和饲料转化率，降低背膘厚，但对不同的品种，GH的效应有所不同。Nielsen等报道，GH不同遗传位点变异型的转录活性不同，其中转录活性高的变异型导致血浆中GH的含量升高，从而提高了猪的生长速度；Knorr等对GH位点进行了RFLP分析，发现在中国梅山猪与皮特兰杂交的F2群体中，GH基因的突变与胴体组成性状间存在着显著的相关，且GH变异位点可解释11.7％～17.7％的总表型方差；Cassas-Carrillo等将GH基因和IGF-1基因作为猪生长性状和胴体性状的候选基因，对不同基因型与生长性状和胴体性状的关系进行了分析，结果表明IGF-1基因与猪的日增重密切相关；u等通过候选基因分析法发现，PIT1基因是与猪出生重和背膘厚相关的主效基因，且位于Andersson等发现的第13号染色体上与生长速度有关的QTL中。其它基因如主要组织相容性复合体(MHC)，RYR1基因等与猪生长性状的关系，也有不少学者进行了研究。

尽管现有技术对于猪生长性状相关基因进行了大量研究，但是对于猪的背膘厚和眼肌面积这两种性状的分子机制和关联位点的研究尚不明确，缺乏可直接用于评估猪背膘厚和眼肌面积的工具及方法。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，首次在ENSSSCG00000004081基因上发现了与猪背膘厚和100kg眼肌面积相关的SNP标记，其具有T/C多态性，可以通过鉴定该SNP标记的不同等位基因来筛选猪背膘厚低和100kg眼肌面积高的猪个体，从而丰富了用于猪育种的SNP标记，缩短了育种周期，提高猪群的经济效益与社会价值，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：