[发明专利]模块标记物挖掘方法、装置、计算机设备及存储介质

说明书

本发明公开了一种模块标记物挖掘方法、装置、计算机设备及存储介质，所述方法包括：构建初始miDCN网络；构建mDCN网络和mi‑m‑DCN网络，对初始miDCN网络进行拓展，形成拓展miDCN网络；对初始miDCN网络和拓展miDCN网络进行模块挖掘，得到miDCN模块；获取金标准miRNA集合；获取金标准miRNA集合在miDCN模块中的miRNA之间的连接关系；计算金标准miRNA集合中的miRNA与miDCN模块中其余miRNA的度的相似性，将miDCN模块中相似性最高的miRNA作为新标记物。本发明结合了miRNA与mRNA两个层面的数据，并充分利用二者之间的生物学关系，挖掘复杂疾病的miRNA模块标记物，具有更加全面、系统和可移植性的特点。

技术领域

本发明涉及一种模块标记物挖掘方法、装置、计算机设备及存储介质，属于模块标记物的挖掘领域。

背景技术

复杂疾病是受多种遗传因子控制的，基于生物学和医学相关理论的推测，认为该类疾病的发病是受多个基因影响的，但每个基因的作用都很微弱，无主效应基因，称该现象为“微效性”，为找到这些微效基因，目前对于该类疾病的模块标物挖掘算法主要集中在基因层面，即mRNA层面。

然而，此类分析没有考虑其他因素对于基因表达变化的影响，只是单一层面的分析，不够全面。而该层面的表达变化在一定程度上是受microRNA(通常缩写为miRNA)控制的，miRNA是一类小的、非编码RNA，通过转录后调控其靶基因的表达发挥作用，与其靶基因的表达呈现负相关，故基因的微效性也受其影响。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种模块标记物挖掘方法、装置、计算机设备及存储介质，其结合了miRNA与mRNA两个层面的数据，并充分利用二者之间的生物学关系，挖掘复杂疾病的miRNA模块标记物，具有更加全面、系统和可移植性的特点。

本发明的第一个目的在于提供一种模块标记物挖掘方法。

本发明的第二个目的在于提供一种模块标记物挖掘装置。

本发明的第三个目的在于提供一种计算机设备。

本发明的第四个目的在于提供一种存储介质。

本发明的第一个目的可以通过采取如下技术方案达到：

一种模块标记物挖掘方法，所述模块标记物为复杂疾病的miRNA模块标记物，所述方法包括：

基于miRNA表达谱数据，构建初始miDCN网络；

基于miRNA表达谱数据和mRNA表达谱数据，构建mDCN网络和mi-m-DCN网络，对初始miDCN网络进行拓展，形成拓展miDCN网络；

对初始miDCN网络和拓展miDCN网络进行模块挖掘，得到miDCN模块；

获取金标准miRNA集合；其中，所述金标准miRNA集合包括公开数据库中与所研究疾病有关的miRNA；

获取金标准miRNA集合在miDCN模块中的miRNA之间的连接关系；

计算金标准miRNA集合中的miRNA与miDCN模块中其余miRNA的度的相似性，将miDCN模块中相似性最高的miRNA作为新标记物。

进一步的，所述基于miRNA表达谱数据，构建初始miDCN网络，具体包括：

根据miRNA表达谱数据，生成x行z列的矩阵；其中，每行表示一个miRNA，每列表示一个样本，设E表示miRNA表达谱数据，S表示所研究疾病的m个样本组成的疾病组表达谱数据，C表示对照组的z-m+1个样本组成的对照组表达谱数据；