[发明专利]一种蛋白互作阻断多肽的辅助筛选方法

权利要求书

1.一种筛选中国对虾蛋白PcRab7和白斑综合症病毒囊膜蛋白VP28相互作用的阻断多肽的方法，其特征在于，所述的方法包括如下的步骤：

1)构建中国对虾Rab7蛋白和白斑综合征病毒WSSV囊膜蛋白VP28的复合体结构PcRab7-VP28；构建方法如下：

①通过蛋白质结构预测软件I-TASSER构建完成PcRab7三级结构；

②通过ZDock2程序生成多个PcRab7-VP28复合体结构，并根据结合能量进行排序；

③依据对接结果，选取Auto Dock打分最高的配体构象，确定为PcRab7-VP28的复合体结构；

2)确定复合体结构PcRab7-VP28的相互作用界面；包括如下的步骤：

①通过复合体结构的分子动力学模拟，获得其分子动力学轨迹；

②利用单一分子动力学轨迹的MM-PBSA能量计算方法，计算PcRab7-VP28之间的结合自由能，分析驱动PcRab7-VP28可逆结合的主要因素；

③利用MM-GBSA能量分解方法计算PcRab7的各个残基对结合自由能的贡献值，确定对PcRab7-VP28结合起决定作用的残基；

3)以WSSV囊膜蛋白VP28为受体靶标蛋白，根据其活性区域设定活性口袋；所述的VP28活性口袋的设置，是选取VP28与PcRab7相互作用界面处接触的片段为母片段，通过软件Discovery Studio4.0生成相互作用区域，包括如下步骤：

①将母片段从两头开始截短，选取五肽至八肽之间各个长度片段构成多肽库1；

②将多肽库1中所有残基突变为其它同组残基，包含非极性残基组：Ala，Val，Leu，Ile，Pro，Phe，Trp，Met；极性残基组：Ser，Thr，Tyr，Asn，Gln，Cys，Gly；带正电荷组：Lys，Arg，His和带负电荷组：Asp，Glu，随机组合构成多肽库2；

4)将待筛选的多肽片段，在设定的活性口袋位置与受体靶蛋白VP28依次对接，并计算多肽与VP28的结合自由能。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤4) 中将待筛选的多肽片段与受体靶蛋白VP28依次对接，是利用REDUCE、Autodock Tools和Autodoc4.2软件共同完成；其中Autodock对接参数设定如下：格点间距为盒子为50×50×50的格点组成的正方体区域，首先为VP28和多肽片段添加氢键和Gaussian电荷，再采用多肽和VP28活性位点区域完全柔性的对接方法，其余参数设置均为默认值；提取对接结果中的相互作用能，选取聚类中构象结合自由能的平均值作为最终打分结果。

3.一种确定经过权利要求1所述的方法筛选后得到阻断多肽与VP28的结合模式的方法，其特征在于，所述的方法是运用分子动力学软件Amber16对靶蛋白-多肽片段VP28-IP体系进行分子动力学模拟。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的靶蛋白-多肽片段VP28-IP体系进行分子动力学模拟，是固定复合体蛋白VP28-IP使水和脂质平衡2 ns；然后选取多肽片段全部柔性和活性位点区残基为柔性残基，固定除柔性残基外的其它残基的Cα原子，其力常数从10千卡/摩尔逐渐减至0.1千卡/摩尔；在所有的平衡中，每一步运行10 ns；平衡后，在恒定温度和压力下进行了400 ns的MD模拟。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述的分子动力学模拟，是以不同的起始原子速度分别进行两次独立的动力学模拟；由此产生的轨迹进行使用的amber16软件包cpptraj模块分析。