[发明专利]中国地方猪中与体长相关的西方猪血缘渗入位点SNP标记及应用

说明书

本发明涉及一种中国地方猪中与体长相关的西方猪血缘渗入位点SNP标记及应用。所述标记为下列突变中的至少一种：国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体第2096738位碱基（rs81439116）处，由A到G的点突变，第2129234位碱基（rs81439242）处，由C到T的点突变，第2145858位碱基（rs81439307），由T到C的点突变。本发明所述提供SNPs标记均是由西方猪血缘渗入中国地方猪中，且均与体长极显著关联(P0.01)，可用于中国地方猪体长分子标记辅助选择育种，可以更有效的加快选育速度、提高选育准确度，具有重要的经济效益与社会价值。

技术领域

本发明涉及猪标记辅助选择（MAS）技术领域，具体涉及一种中国地方猪中与体长相关的西方猪血缘渗入位点SNP标记及应用。

背景技术

我国是全球家猪最早的驯化地之一。全国各地气候多样、地形复杂，形成了大量优良地方猪种，全世界1/3的地方猪种出自我国。我国地方猪种以肉质鲜美、母性好、耐粗饲、抗病性强著称，但普遍存在背膘厚、瘦肉率低的缺点。2012年，我国农业部发布《全国畜禽遗传资源保护和利用“十三五”规划》数据显示我国一共有90个地方品种，其中国家级保护品种42个，省级保护品种32个，其它品种15个。这些地方猪种被列入了《国家级畜禽遗传资源保护名录》当中。根据猪种的特征及原产区的气候和地理位置，我国的地方猪种分为六大类型：华北型、江海型、华中型、西南型、高原型、华南型。

当前，全球生猪市场的主流商业猪种为杜洛克猪、长白猪、大白猪、巴克夏、皮特兰、汉普夏猪，通称为西方商业猪种，分为瘦肉型、脂肪型、兼用型。与中国地方猪种相比，西方商业猪种普遍具有生长速度快、繁殖力强、瘦肉率高、体格高大、体躯长等特点。其中，美国的杜洛克猪具有生长速度快、效率高饲料转化率高、背膘薄等特点；英国的长白猪和大白猪以繁殖性能优良著称；比利时的皮特兰猪瘦肉率极高；英国的巴克夏肉质优良，兼具优秀的繁殖性能；英国的汉普夏猪的体驱长、背膘薄、眼肌面积大。

全世界的家猪主要由欧洲大陆的野猪和亚洲大陆的野猪，独立驯化而来，但历史上中西方猪种之间经历了多次血缘交流。有文献记载，早在清乾隆年间，广州开放为通商口岸，华南猪曾漂洋过海到欧洲，进而影响了欧洲猪种的基因组。新年中国成立后，1979年法国曾引进梅山猪、枫径猪、嘉兴猪、金华猪。1989年美国也曾引进民猪、梅山猪进而枫泾猪。而今，基因组分析显示大白猪和长白猪里也混有中国地方猪种的血缘。与此同时，我国在十九世纪初开始正式引进西方猪种。新中国成立后，苏大白、巴克夏、长白、大白、杜洛克、汉普夏等都被大量引入我国，为此专门兴建有国有外贸种猪场。随着我国居民消费习惯向瘦肉型猪肉转变，大量的中国地方猪与西方猪种进行了杂交育种。

西方猪种血缘的渗入，影响了中国地方猪的性状表现。因此，通过检测西方猪向中国地方猪种的渗入信号，分析其影响的表型，开发相关分子标记，有利于通过提高渗入位点标记的基因型，提高种群的相应经济性状。其中，体长就是一种数量性状，其与屠宰率、产肉量等重要经济性状密切相关。与西方猪种相比，中国地方猪的体长不占优势，普遍相对短小。目前利用常规选育手段并没有取得很好的效果。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种中国地方猪中与体长相关的西方猪血缘渗入位点SNP标记，并将其在基因型鉴定、遗传育种等方面加以应用，以解决中国地方猪的体长不占优势，普遍相对短小的问题。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

筛选得到一组中国地方猪中与体长相关的西方猪血缘渗入位点SNP标记：

位于国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体中的，

第一SNP标记，第2096738位碱基由A到G的点突变及其互补突变由T到C（对应于SEQID：1所示序列中的第539bp处），记为突变位点rs81439116；