[发明专利]一种苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库及其在种质资源特异性鉴定上的应用

权利要求书

1.一种对苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型的引物对，所述InDel的核苷酸序列如SEQ ID No.1～102所示；

所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.103～204所示，所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.205～306所示；

所述SEQ ID No.103～204为依次扩增SEQ ID No.1～102的上游引物；

所述SEQ ID No.205～306为依次扩增SEQ ID No.1～102的下游引物。

2.一种构建苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库的方法，所述方法包括以下步骤：

利用权利要求1所述的引物对和多重PCR对苹果种质资源基因组DNA样品的InDel标记进行基因分型；按照每份苹果种质资源对应InDel标记的基因型为一行记录；汇总全部种质资源记录，得到苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库；

所述多重PCR的配组如下表所示：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述多重PCR的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，55℃退火90s，72℃延伸90s，35个循环；60℃延伸30min。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其特征在于，所述多重PCR的体系每10μL包括：浓度为200ng/μL的1μL基因组DNA、4μL 2.5×Master Mix I、1μL Primermix和4μL ddH₂O；所述Primermix中每对引物的浓度均为0.2μM。

5.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份苹果属种质资源所有InDel标记的基因型组合作为鉴定该份种质资源特异性的分子身份信息。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述分子身份信息以二维码方式呈现，以二维码方式存储、识别和使用。

7.权利要求1所述的引物对在苹果属种质资源鉴定中的应用，包括：

提取待测样本的基因组DNA，利用权利要求1所述引物对对所述基因组DNA进行基因型分型，得到待测样本的InDel标记基因型数据，将所述待测样本的InDel标记基因型数据与权利要求2～6任意一项所述的方法构建得到的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库进行比对；

当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中任意一份种质资源的分子身份信息相同时，判定所述待测样本不具有特异性；

当所述待测样本的InDel标记基因型组合与所述苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库中所有种质资源以及其它已知InDel标记基因型组合的待测样本的分子身份信息都不相同时，判定所述待测样本具有特异性。

8.权利要求2～6任意一项所述的方法构建得到的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库在苹果属种质资源亲子鉴定中的应用，包括：

利用权利要求2～6任意一项所述的方法构建得到的苹果属植物全基因组InDel标记基因型数据库检索待测样本的亲本和双亲对，检索的标准如下：

当待测样本的标记基因型为D时，亲本的基因型为D或DI，双亲对的基因型组合为D×D、D×DI、DI×D或DI×DI；

当待测样本的标记基因型为I时，亲本的基因型为I或DI，双亲对的基因型组合可为I×I、I×DI、DI×I或DI×DI；

当待测样本的标记基因型为DI时，亲本的基因型为D、I或DI，双亲对的基因型组合为D×I、I×D、D×DI、I×DI、DI×D、DI×I或DI×DI；

其中，D为缺失纯合的基因型，I为插入纯合基因型，DI为插入缺失杂合基因型。