[发明专利]臭柏SSR分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种臭柏SSR分子标记及其应用，该分子标记的编号为：JSSSR4、JSSSR5、JSSSR6、JSSSR15、JSSSR17、JSSSR20、JSSSR30、JSSSR31、JSSSR33、JSSSR35、JSSSR54、JSSSR57、JSSSR58、JSSSR61、JSSSR66、JSSSR74和JSSSR80，各编号所对应的臭柏SSR分子标记的引物对序列如SEQ ID NO.1‑34所示。本发明的17对臭柏SSR分子标记具有多态性丰富、扩增稳定、重复性好、便于统计等优点，能有效对臭柏种质资源进行遗传多样性分析及群体聚类分析，且能够在臭柏的近缘种中表现出良好的多态性和种间通用性。

技术领域

本发明涉及分子生物学DNA标记技术领域，具体地，涉及一种基于GBS简化基因组测序开发的臭柏SSR分子标记及其应用。

背景技术

臭柏(Juniperus sabina L.)又称叉子圆柏、沙地柏、新疆圆柏等，为柏科刺柏属常绿针叶灌木，间断分布于西班牙、哈萨克斯坦、中国、蒙古和俄罗斯。在中国天然分布于新疆天山至阿尔泰山、宁夏贺兰山、内蒙古毛乌素沙地和浑善达克沙地、青海东北部、甘肃祁连山以及陕西神木、榆林等地。臭柏根系发达，萌芽和萌蘖力强，抗旱、抗寒、抗风蚀等适应性强，枝条耐沙埋，是干旱、半干旱区防风固沙和水土保持的优良树种。同时，臭柏属于常绿树种，其枝条耐修剪，易于造型，可作北方城市园林绿化树种，与乔木搭配起到很好的的立体效果。臭柏还含有香桧醇、鬼臼毒素等化学成分，具有杀虫活性，亦可作为治疗风湿性关节炎等病症的药物。如臭柏的枝叶和果实具有祛风湿、活血止痛的效果，常用于治疗风湿性关节炎、类风湿性关节炎等，种子和枝叶可用以清热、健胃、消肿、利尿、活血与止痛等。臭柏的枝、茎干和果实中均含有挥发油，具有特殊浓郁气味，在化工上挥发油可作为调制化妆品、皂用香精的的原料。由于臭柏挥发油含量高，因此可以产生很好的经济效益。臭柏枝叶内富含多种养分，其中含粗蛋白6.14％；粗脂肪14.32％；粗纤维17.47％，是1种富含Ca、K、N元素的植物，而且所含氨基酸种类多，在沙区作为动物饲料将会很有发展前景。

虽然臭柏具有重要的生态价值、药用价值、经济价值和饲料价值，但针对其遗传资源的研究却极少，仅有RAPD(Random Amplified Polymorphic，随机扩增性DNA)标记和叶绿体基因片段等少量研究，标记手段单一局限，Geng等(2016)通过双重抑制PCR(suppression-PCR)技术开发了8对SSR(Simple Sequence Repeat，简单重复序列)引物，但数量太少，覆盖的基因组位点不能满足臭柏遗传多样性分析的需求；曲娜等(2011)利用17条RAPD标记引物对臭柏4种变异类型的遗传多样性作了初步分析，但RAPD标记技术是显性标记，得到的信息量相对偏少，同时标记稳定性差，易受到设备、反应条件和操作手法的干扰，造成多态性差和谱带迁移难分辨的现象。此外，近年来，因臭柏生长环境恶化，天然更新困难，资源濒临灭绝，所以急需开发更多新的标记对臭柏资源进行更全面的遗传多样性评价，以提出相关保护策略。

发明内容

本发明所要解决的问题是提供一种臭柏SSR分子标记及其应用，旨在为臭柏的种质资源多样性分析、核心种质库的建立、构建指纹图谱、分子辅助育种以及臭柏资源开发利用和保护奠定基础。

为了实现上述目的，本发明一方面提供一种臭柏SSR分子标记，该分子标记的编号为：JSSSR4、JSSSR5、JSSSR6、JSSSR15、JSSSR17、JSSSR20、JSSSR30、JSSSR31、JSSSR33、JSSSR35、JSSSR54、JSSSR57、JSSSR58、JSSSR61、JSSSR66、JSSSR74、JSSSR80，各编号所对应的臭柏SSR分子标记的引物对序列按顺序如SEQ ID NO.1-34所示。

本发明第二方面所要解决的技术问题是提供一种上述的臭柏SSR分子标记在臭柏遗传多样性分析中的应用。

本发明第三方面所要解决的技术问题是提供一种上述的臭柏SSR分子标记在臭柏及其近缘种的群体聚类分析中的应用。