[发明专利]一种用于检测水稻香味基因的KASP分子标记和检测方法在审
| 申请号： | 202010984820.4 | 申请日： | 2020-09-18 |
| 公开（公告）号： | CN111996281A | 公开（公告）日： | 2020-11-27 |
| 发明（设计）人： | 闫影;吴书俊;张丽霞;王凯;胡泽军 | 申请（专利权）人： | 上海市农业科学院 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12N15/11 |
| 代理公司： | 浙江千克知识产权代理有限公司 33246 | 代理人： | 黎双华 |
| 地址： | 201106 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 用于 检测 水稻 香味 基因 kasp 分子 标记 方法 | ||
1.一种用于检测水稻香味基因的KASP分子标记Badh2-E2-KASP，其特征在于，所述分子标记包括：
正向引物1：5'-TGGCCCGGACGGCGCC-3'；
正向引物2：5'-GGCCCGGACGGCGCG-3'，和
通用反向引物：5'-CGGGAGGCGCTGAAGAGGAA-3'。
2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述Badh2基因第2外显子处发生了7bp的碱基缺失，该位置位于基因转录起始密码子下游304bp到310bp之间，缺失序列为GGCGCCG。
3.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，正向引物1的5'端带有FAM荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。
4.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，正向引物2的5'端带有HEX荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'。
5.权利要求1-4中任一项所述分子标记在快速检测水稻香味基因Badh2-E2中的应用。
6.一种快速检测水稻香味基因Badh2-E2的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：
(1)提取水稻植株基因组DNA；
(2)用PCR引物对水稻植株基因组DNA进行PCR扩增；所述PCR引物序列为：
正向引物1：5'-TGGCCCGGACGGCGCC-3'；
正向引物2：5'-GGCCCGGACGGCGCG-3'；
通用反向引物：5'-CGGGAGGCGCTGAAGAGGAA-3'；
所述正向引物1的5'端带有FAM荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'；所述正向引物2的5'端带有HEX荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；
(3)用酶标仪对反应产物进行检测，根据SNPviewer软件确定检测水稻样品的基因型。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(2)中PCR反应程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s；61-55℃退火延伸60s，10个循环，每个循环降低0.6℃；94℃变性20s；55℃退火延伸60s，26个循环。
8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(3)中根据颜色分类，聚合在接近X轴的显示蓝色的样本的基因型为连接FAM荧光标签序列的等位基因型，聚合在接近Y轴上的显示红色的样本的基因型为连接HEX荧光标签序列的等位基因型，中间显示绿色的样本的基因型为两种等位基因的杂合型。
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