[发明专利]藜麦山引2号和藜麦新引2号的SSR分子标记及其应用

说明书

本发明涉分子标记技术领域，具体涉及藜麦山引2号和藜麦新引2号的SSR分子标记及其应用。一组藜麦山引2号和藜麦新引2号SSR分子标记包括9个位点所对应的正向和反向引物，其开发方法包括以下步骤：1)从网站获取藜麦基因组序列，2)用SSR鉴定软件MISA查找所有位于基因序列中间的SSR位点，3)设计SSR引物，4)SSR的验证及多态性分析，利用设计合成的引物对藜麦山引2号和新引2号的基因组进行PCR扩增，分析这两个藜麦品种的PCR产物的异同，分析找出在这两个品种间PCR结果有差异的SSR分子标记。本发明开发的藜麦山引2号和藜麦新引2号的SSR分子标记重复性好、共显性、多态性高和特异性强。

技术领域

本发明涉分子标记技术领域，具体涉及藜麦山引2号和藜麦新引2号的SSR分子标记及其应用。

背景技术

公开该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解，而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)，是一年生的苋科藜属双子叶草本植物，至今已有7500多年的种植历史。藜麦原产地为南美洲安第斯山脉，多位于玻利维亚、智利和秘鲁一带的高海拔地区。

藜麦种质资源无论在形态还是遗传上都具有丰富的多样性，而且藜麦基因组是异源四倍体，其遗传背景信息复杂。目前关于藜麦的基础研究薄弱，种质资源在遗传上不清晰，遗传育种进展缓慢。利用SSR分子标记技术具有的优势优点，利用现代生物技术，开发新的分子标记，可为下一步利用SSR分子标记进行藜麦遗传多样性分析、种质资源鉴定以及基因进行定位和分子标记育种提供有力技术保障。

目前在遗传学研究中广泛应用的DNA分子标记有以下几种：限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)，数量多、结果稳定、重复性好，但步骤复杂、成本高、使用放射性同位素造成环境污染；随机扩增多态性DNA(RandomlyAmplified Polymorphic DNA，RAPD)，操作简单引物设计无需序列信息，但重复性不高、显性遗传无法区分纯杂合；扩增片段长度多态性(Amplified Fragment LengthPolymorphism，AFLP)，数量多，多态性高，但对模板DNA质量要求高；单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNP)，分布广泛，数量多，呈二态性和等位基因性；表达序列标签(Expressed Sequence Tags，EST)，体现基因表达水平，不包含调控序列、内含子信息。

SSR分子标记分布于整个基因组中，两端序列高度保守，因而可以将两端保守的DNA片段进行克隆、测序，通过人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个分子标记的位点扩增出来，检测物种的遗传多样性。目前，植物基因组中SSR分子标记的开发研究十分活跃，在小麦、玉米、水稻、油菜、大豆、西红柿、甜菜等农作物上都有所应用。现在结合转录组测序开发SSR分子标记已经在萝卜、辣椒、菠菜、南瓜、大白菜、洋葱、茄子、花椰菜、葡萄等果蔬中得到广泛应用。

发明内容

与现有技术中的分子标记相比，SSR分子标记具有易操作、重复性好、共显性、多态性高和特异性强等优点，可直接检测DNA分子结构变异、反映研究材料分子水平的本质差异，因而广泛应用在构建DNA指纹图谱、基因定位、遗传多样性分析、种质资源鉴定和植物育种等研究领域。

本发明的目的是提供一种藜麦山引2号和藜麦新引2号的SSR分子标记及其应用。

具体的，在本发明的第一方面，提供一组藜麦山引2号和藜麦新引2号SSR分子标记，其特征在于：包括有如下9个位点所对应的正向和反向引物：

在本发明的第二方面，提供第一方面所述藜麦山引2号和藜麦新引2号SSR分子标记在以下方面的应用：

藜麦山引2号和藜麦新引2号的多态性鉴定；