[发明专利]一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法

权利要求书

1.一种适用于低产卵量淡水经济螯虾的种虾扩繁方法，其特征在于，包括：

1)选取适量候选亲虾，将每尾虾置入独立网箱中单独养殖并编号；其中，雄虾与雌虾的比例为1：2-5；

2)从上述候选亲虾取适量组织并分别提取基因组DNA；通过构建测序文库，对所有亲虾进行高通量SNP分型；

3)基于上述SNP分型数据计算候选亲虾的遗传距离，进行聚类分析并绘制树状图；

4)根据上述树状图选取适量遗传距离较远的雄虾，建立适量的交配组；

5)每个交配组中选取适量的雌虾，所述雌虾均选自候选亲虾中与对应交配组中雄虾的遗传距离较远的雌虾；同一交配组中的雌虾以可视嵌入性荧光标记区分；

6)定向交配后，每隔5天检查一次雌虾抱卵状况，发现抱卵虾后，将虾置入单独容器，并以家系为单位进行离体孵化；

7)离体孵化一周后，对仔虾进行性状选择；

8)当一定比例的仔虾生长到一定体长时，在虾体注射嵌入性荧光标记以区分家系；每个家系随机选择一定数量的标记后的个体进行混合养殖；

9)养殖5个月后回捕，测量个体的体重，将存活个体以家系为单位单独养殖；

10)使用BLUPF90系列软件包中的RENUMF90程序对系谱信息、亲本SNP分型数据、体重表型数据进行预处理，使用PREGSF90程序基于预处理后的数据文件构建混合型亲缘关系矩阵，获得H矩阵，并输出其逆矩阵获得Hinv.giv文件，将Hinv.giv文件连同表型数据一起输入到ASReml软件，使用混合线性模型和AI-REML算法估计个体体重性状育种值，根据个体育种值计算家系平均育种值；

11)性状测量后，仅保留可以提供k尾以上雌虾和k尾以上雄虾的家系，按家系育种值从高到低对所有候选家系进行排名，设置家系选优比例为30％，选留排名前30％的家系；

12)利用每个家系双亲的基因型来代表这个家系的等位基因构成，基于MEGA5.0软件的UPGMA方法计算这些选留家系间的遗传距离并对其进行聚类；

13)根据聚类结果，将选留家系按亲缘关系远近分为A和B两个家系数量相近的扩繁组，从A扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为A1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为A2组，1m≤5；同样，从B扩繁组中选出亲缘关系最近的n个家系作为B1组，1≤n≤10，再选出与这n个家系亲缘关系最远的n×m个家系作为B2组，1m≤5；A1和B1两组中的每个家系只提供k尾雄虾，A2和B2两组中的每个家系只提供k尾雌虾；

14)在A扩繁组中，A1组的所有雄虾与A2组的所有雌虾单独置于一个容器中交配；在B扩繁组中，B1组的所有雄虾与B2组的所有雌虾单独置于另一容器进行交配；

15)每个扩繁组共有n×m×k尾雌虾，假设平均抱卵率为a，平均每尾雌虾抱卵量为b个，按此方案每个扩繁组可生产子一代种虾苗n×m×k×a×b尾；

16)假设养成率为c，雌雄比例为1:1，每个扩繁组可产生n×m×k×a×b×c×0.5对后备种虾，其中，A扩繁组生产的后备雄性种虾搭配B扩繁组生产的后备雌性种虾，B扩繁组生产的后备雄性种虾搭配A扩繁组生产的后备雌性种虾，最终可以产生n×m×k×a×b×c对商品种虾。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所取组织为由候选亲虾的任一胸部步足末端取一小节获得的肌肉组织。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)中所述SNP分型是通过包括以下步骤的方法实现的：

a)采用Pstl-HF/Mspl对DNA进行酶切；

b)酶切后的片段两端用T4连接酶加接头和barcode；

c)使用磁珠回收系统回收300-700bp的片段；

d)对回收片段使用高保真酶进行PCR扩增；

e)使用Qubit测定PCR产物浓度，浓度需大于5ng/μl；

f)将混合好的文库上机测序；

g)对测序获得的Raw Reads进行质控得到Clean Reads；

h)将Clean reads比对到参考基因组；

i)使用GATK软件进行SNP检测分型。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤5)中，将挑选的每个交配组的雌虾在独立的交配容器中暂养10天，再放入对应的雄虾进行定向交配。