[发明专利]一种染色体9p21.3缺失在辅助诊断和预后脊索瘤中的应用

说明书

本发明涉及染色体9p21.3缺失在辅助诊断和预后脊索瘤中的应用。染色体9p21.3缺失可以作为预测脊索瘤患者无复发生存期(RFS)的生物标志物。本发明的结果揭示了染色体9p21.3缺失作为脊索瘤预后标志物的广泛意义。

技术领域

本发明涉及脊索瘤辅助诊断领域，尤其涉及在颅底脊索瘤辅助诊断和预后中的应用。

背景技术

脊索瘤是一种罕见的癌性肿瘤，每年约有百万分之一的人发生。脊索瘤占影响大脑和脊髓的肿瘤不到1％。脊索瘤可发生在脊柱的任何部位，从头骨的底部到尾骨。脊索瘤生长缓慢，逐渐延伸到骨骼和周围的软组织中。它们通常在治疗后复发，在大约40％的病例中，癌症扩散(转移)至身体的其他部位，例如肺部。

所有脊索瘤的大约一半发生在脊柱(骶骨)的底部，约三分之一发生在颅骨(枕骨)的底部，其余的发生在颈椎(颈部)、胸椎(上背部)或腰椎(下背部)的脊椎骨。随着脊索瘤的生长，它给大脑或脊髓的相邻区域施加压力，导致该疾病的体征和症状。脊椎任何地方的脊索瘤都可能导致背部、手臂或腿部疼痛、无力或麻木。颅底的脊索瘤(枕脊索瘤)可能导致复视和头痛。尾骨中发生的脊索瘤(尾骨脊索瘤)可能导致肿块大到足以通过皮肤感觉到，并可能引起膀胱或肠功能问题。

脊索瘤通常发生在40至70岁之间的成年人中。儿童中约有5％的脊索瘤被诊断出。由于不清楚的原因，男性受到的影响大约是女性的两倍。根据美国流行病监测与最终治疗结果(SEER)数据，脊索瘤的发病率会因性别和种族而异，但是，对引起脊索瘤的病因学知之甚少。迄今为止，T基因的胚系重复编码被认为是家族性脊索瘤的主要易感机制，该基因编码brachyury蛋白，该蛋白是一种在胚胎发育中起重要作用的转录因子。T基因中常见的遗传多态性与家族性和散发性脊索瘤患病风险增加相关。

脊索瘤被认为生长缓慢，但是复发率很高，尤其是在颅底脊索瘤患者中，主要是由于肿瘤切除不完全所致。颅底脊索瘤的临床进展极为不同，目前尚无经过验证的临床或分子预后评估指标。颅底肿瘤的治疗通常包括有或没有辅助放疗的手术。化学疗法或其他系统性疗法对治疗脊索瘤不够有效。尽管已经确定了几种潜在的药物治疗的分子靶标，并且一些正在临床试验中进行评估，但对脊索瘤患者尤其是肿瘤进展期的患者的治疗选择仍然有限。

脊索瘤的基因组分析研究并不多。迄今为止，最大的测序分析包括104例骶骨脊索瘤患者，但仅对11个肿瘤进行了全基因组测序。这项研究的结果表明T扩增、CDKN2A纯合缺失以及SWI/SNF染色质重塑复合物基因(PBRM1，SETD2，ARID1A)和PI3K信号通路的突变是骶骨脊索瘤中最常见的基因组改变事件。受样本数量少的限制，该研究未对驱动基因突变、结构变异和突变标识进行检测。而颅底脊索瘤与骶骨脊索瘤相比更早发病，其是否与类似的基因组改变有关，同样尚不清楚。

因此，迫切需要对脊索瘤中的分子过程有更好的了解，以开发预后预测工具以及发现新的药物治疗靶标。

发明内容

为了解决现有技术的不足，本发明的目的在于筛选出脊索瘤易感的染色体9p21.3缺失作为分子诊断标记物，并研制相应的诊断试剂盒，进行脊索瘤诊断或者提供其预后。

具体来说，本发明提出了如下技术方案：

在一方面，本发明提供了一种检测染色体9p21.3缺失的产品在制备用于辅助诊断脊索瘤的试剂或试剂盒中的用途。

在一方面，本发明提供了一种检测染色体9p21.3缺失的产品在制备用于预测脊索瘤患者的生存期的试剂或试剂盒中的用途。

在一方面，本发明提供了一种辅助诊断脊索瘤的试剂盒或预测脊索瘤患者的生存期的试剂或试剂盒，所述试剂或试剂盒包含检测所述染色体9p21.3缺失的试剂。

附图说明