[发明专利]用于制备核酸测序文库的方法和系统以及用其制备的文库

权利要求书

1.一种用于核酸处理的方法，其包括：

(a)合成包含至少一个尿嘧啶的双链核酸分子；

(b)在对应所述至少一个尿嘧啶的一个或多个位点，对所述双链核酸分子进行核酸延伸反应，从而从所述双链核酸分子生成多个单链核酸分子；和

(c)使用包含条形码序列的核酸条形码分子生成条形码化的核酸分子，所述条形码化的核酸分子包含：

(i)所述多个单链核酸分子的单链核酸分子的序列或其反向互补序列；和

(ii)所述条形码序列或其反向互补序列。

2.如权利要求1所述的方法，其进一步包括，在(b)之后，

(1)使用所述多个单链核酸分子的单链核酸分子生成附加双链核酸分子，和

(2)使用连接酶将所述核酸条形码分子连接至所述附加双链核酸分子。

3.如权利要求2所述的方法，其中(1)包括使引物与所述单链核酸分子杂交并进行核酸延伸反应以生成所述附加双链核酸分子。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述引物包含5至25个核苷酸长度的随机N聚体序列。

5.如权利要求2所述的方法，其中所述连接酶是脱氧核糖核酸(DNA)连接酶。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述连接酶是T4 DNA连接酶。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸条形码分子是双链的。

8.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括剪切所述至少一个尿嘧啶以获得对应所述一个或多个位点的一个或多个初始位点，并且其中由所述一个或多个初始位点进行所述核酸延伸反应以生成所述多个单链核酸分子。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述至少一个尿嘧啶使用剪切酶剪切。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述剪切酶包括尿嘧啶脱氧核糖核酸(DNA)糖基化酶。

11.如权利要求8所述的方法，其中在(b)中，具有链置换活性的聚合酶在所述一个或多个初始位点的初始位点处接合所述双链核酸分子以进行所述核酸延伸反应。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸延伸反应以不依赖引物的方式进行。

13.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸延伸反应是等温的。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸条形码分子是多个核酸条形码分子。

15.如权利要求1所述的方法，其中所述(a)、(b)或(c)在分区内进行。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述分区是乳液中多个液滴的液滴。

17.如权利要求15所述的方法，其中所述分区是多个孔的孔。

18.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸条形码分子进一步包含一个或多个功能性序列。

19.如权利要求18所述的方法，其中所述一个或多个功能性序列包括衔接子序列。

20.如权利要求18所述的方法，其中所述一个或多个功能性序列包括引物序列。

21.如权利要求18所述的方法，其中所述一个或多个功能性序列包括引物退火序列。