[发明专利]一种与猪生长速度关联的SINE转座子多态分子标记及其检测方法和应用

说明书

本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，公开了一个与猪生长速度关联的LEPROT基因内的SINE转座子多态分子标记检测方法及应用。本发明的方法是检测待测猪的LEPROT基因的第一内含子区是否存在一个276bp的SINE转座子反向插入多态标记，该分子标记显著影响猪的100kg体重日龄的性状。本发明还提供了一种用于鉴定该分子标记位点的引物对，利用该分子标记和引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪生长速度性状遗传改良中，可以提高生产效益。

技术领域

本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪生长速度关联的LEPROT基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法和应用。

背景技术

逆转录转座子广泛分布于哺乳动物的基因组中，在猪基因组中，转座子占猪基因组的40.72％，其中逆转录转座子占转座子的91.49％，因转座子可移动的特性使其在基因中普遍存在插入或缺失状态，是基因组结构变异的重要贡献者，为开发逆转录转座子分子标记提供了生物学基础。

很多研究表明基因中逆转录转座子的插入或缺失会影响该基因的生物学活性，已有超过100种反转录转座子插入导致了人类遗传疾病的报道。在动物身上也已经观察到许多由转座子插入引起的表型变化，例如狗的Silver基因SINE插入影响毛色表型。赛马MSTN基因转座子的插入，影响马的赛跑距离。猪VRTN基因转座子的插入影响猪脊椎发。

逆转录转座子插入多态(Retrotransposons insertion polymorphism，RIP)是指在同源染色体的同一位置上逆转录转座子存在不同的插入或缺失状态，使该位点存在不同的基因型，产生共显性标记。操作上仅需在逆转录转座子插入位置的上下游设计正反向引物，然后以个体基因组DNA为模板进行PCR检测。RIP相比较于其他分子标记具有成本低廉、操作简单且适合大群体的批量分析及多态性高等优点，具有良好的商业应用价值。

猪的大多数重要经济性状受微效多基因控制并呈现连续性变异分布，遗传基础复杂，且易受到环境影响，表现型难以准确鉴定。长期以来，只能借助数理统计的方法进行分析。随分子标记技术的出现和发展，动物遗传连锁图谱和物理图谱的日臻完善，各国科学家利用精心设计的用于基因分离的资源家系群体，通过基因组扫描技术，已定位了众多影响生长性状、胴体性状、繁殖性状、肉质性状QTLs，但是已经成功应用于我国猪育种实践的位点还相对较少。

发明内容

本发明的目的在于提供一个与猪100kg体重日龄关联的LEPROT基因的SINE转座子多态分子标记检测方法及应用。通过PCR扩增建立相应的SINE插入/缺失分型方法，通过寻找与猪100kg体重日龄相关联的转座子插入多态位点作为分子标记，并将其应用于猪的生长性状的选育中，加快育种进程。

本发明的技术方案如下：

一个与猪生长关联的LEPROT基因内的SINE转座子多态分子标记，命名为RIP-LEPROT-SINE，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自LEPROT基因(CM017488.1)，SEQ ID NO:1序列的174-450位点之间存在一个反向SINE转座子的插入。

进一步的，所述的SINE转座子多态分子标记位点在LEPROT基因的4214-4490位点。

获取上述的与猪生长性状关联的LEPROT基因内SINE转座子多态分子标记的方法包括以下步骤：

(1)根据SEQ ID NO:1序列中SINE位置的两侧序列中设计上下游检测引物；

(2)以猪的耳样提取的DNA为模板进行PCR扩增并获得产物；

(3)将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果图确定该位点多态性和基因型。

进一步的，PCR扩增所用正向引物序列为