[发明专利]自闭症基因检测方法与应用

说明书

本发明公开了自闭症基因检测方法与应用，包含以下步骤：步骤一、样本检测；步骤二、外显子捕获建库；步骤三、上机测序；步骤四、数据质控；步骤五、SNP/indel/CNV检测；步骤六：生物信息分析。本发明基因自闭症谱系障碍全外显子组测序技术的深度较高，可以发现常见的变异的同时精确发现频率小于1％的罕见变异。本发明基因自闭症谱系障碍全外显子组测序技术也包括了自闭症谱系障碍家系(Trios)的分析，可以进行显/隐性遗传模式分析。本发明基因自闭症谱系障碍全外显子组测序技术和传统的全外显子组测序相比可以进一步降低成本，缩短测序周期和精简工作量。

技术领域

本发明涉及自闭症基因检测方法与应用，属于基于全外显子捕获技术的分析方法领域。

背景技术

自闭症谱系障碍(Autism Spectrum Disorder)是一种由脑部发育障碍所导致的疾病，该病的主要特征为情绪，言语和非言语的表达困难以及社交互动障碍，患者的行为受到限制，并且存在行为重复的现象。据不完全统计，中国的自闭症患者可能超过1000万人，其中0-14岁的儿童患者可能超过200万人，并且近年来的患病率呈上升趋势，因此自闭症谱系障碍目前已受到社会的重视并采取积极的检测治疗手段。

目前已知的自闭症谱系障碍检测手段主要包括染色体微阵列分析(Chromosomalmicroarray,CMA)和全外显子组测序(Whole ExomeSequencing，WES)技术。

染色体微阵列分析(Chromosomal microarray,CMA)通过高通量特异性核酸探针对染色体全基因组进行高分辨率检测，可检出染色体不平衡的拷贝数据变异，尤其对染色体微缺失、微重复综合征诊断具备优势，其分辨率较传统核型分析大大提高，是一种精确、快捷的染色体分析技术。而全外显子组测序(Whole Exome Sequencing，WES)是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，并通过高通量测序发现与蛋白质功能变异相关遗传突变的技术手段。相比于全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)，全外显子组测序在保证有效结果的前提下成本更低，更加经济和高效。

不过这两种检测技术也都具有一定的局限性，在自闭症谱系障碍的检测中暴露出不足之处:

染色体微阵列分析(Chromosomal microarray,CMA)的局限性

1.染色体微阵列芯片无法检测平衡易位、倒位、非整倍体易位来源的以及同源染色体的重复与缺失。

2.由于DNA片段的大小、基因组成以及芯片所覆盖的染色体区域也有不同，最终也可能导致漏诊(如无法识别标记染色体)。

3.不同实验室及检测机构检测基因类型的标准不同，确定重复和缺失的临界值的方法也不尽相同，检测的结果有一定差异。即使一段DNA的拷贝数据出现异常也不一定代表受检者本人表型也出现异常。

全外显子组测序(Whole Exome Sequencing，WES)的局限性：

1、对于自闭症谱系障碍检测来说，全外显子组测序的规模仍然偏大，信息处理的时间段偏长，且对于检测判断会造成严重的干扰。

2、全外显子组测序虽然较全基因组测序相比成本已降低不少，但在自闭症谱系障碍的检测中仍然偏高。

3、由于算法，测序深度等方面的影响，不同实验室及检测机构的全外显子组测序的精度可能无法满足自闭症谱系障碍检测的需求，导致误诊和漏诊。

发明内容

针对上述问题，本发明要解决的技术问题是提供的自闭症基因检测方法及应用。

本发明提供如下技术方案：自闭症基因检测方法包含以下步骤：

步骤一、样本检测；

步骤二、外显子捕获建库；