[发明专利]一种提高黄羽肉鸡剩余采食量遗传进展的基因组选择方法

说明书

本发明提供一种提高黄羽肉鸡剩余采食量遗传进展的基因组选择方法，并进一步提供与黄羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的4个SNP标记及其应用。本发明以快大型黄羽鸡种为素材，通过RFI的表型和全基因组SNP测定，筛选并验证获得黄羽肉鸡RFI控制显著SNP标记。通过在SSGBLUP方法估计中增加显著SNP权重的方法，提高育种值估计的准确性。为实现RFI复杂性状的早期选择和性状相关等位基因的快速纯和，加快遗传选择进展提供技术支撑。培育品系的优势等位基因位点处于高频或纯和状态，在新品系应用于配套系创制过程中，还可较大程度上避免出现后代性状分离的问题。

技术领域

本发明涉及遗传育种和分子生物学领域，具体地说，涉及一种提高黄羽肉鸡剩余采食量遗传进展的基因组选择方法，并进一步涉及与黄羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的SNP标记及其应用。

背景技术

我国鸡肉生产主要以黄羽肉鸡和白羽肉鸡为主，鸡肉产量位居世界第三，尽管在鸡肉产量上足够大，但是我国自主培育的优良品种仍然落后于国外，白羽肉鸡祖代鸡几乎全部依赖于进口，因此国产化肉鸡育种依然面临着巨大的压力。黄羽肉鸡约占鸡肉总产量的40％，由于肉鸡生产成本70％左右是饲料成本，且相对白羽肉鸡来说黄羽肉鸡料重比较高，生长速度较慢，因此如何节约饲料成本，进而提高生产效率是黄羽肉鸡育种中最为关注的问题之一。

2001年Meuwissen等研究发现，通过对全基因组内所有SNP标记效应值的估计可以实现对育种值的预测，计算得到的育种值称为基因组估计育种值(GEBV)，也可谓之改良版的标记辅助选择(MAS)。现在GS技术已经在牛、猪、羊及水产养殖中得到广泛应用。在鸡基因组中存在大量可用的SNP标记，使得GS技术应用于鸡育种中变得可行，利用SNP和QTL之间的连锁不平衡(LD)，得出每个QTL对于性状的影响，将所有的QTL效应加在一起，得到候选个体的基因组育种值。如今已在多个大型国际家禽育种公司中被广泛应用于肉鸡和蛋鸡的选择中。由于传统的育种值计算忽略了基因效应值对于个体遗传的影响，而GS技术结合了表型记录、系谱关系以及个体的基因组信息进行关联分析，使准确性得到很大程度的提高。通过使用全基因组SNP芯片对个体基因型进行大量的检测，能够分析多性状的SNP位点，对多性状进行同时选择，显著提高了选择效率，降低育种成本，而且更适用于一些遗传力低和难以测定的性状。基因组选择的计算模型主要分为两大类：包括以直接估计基因组育种值的GBLUP法和一步法(single-step GBLUP,SSGBLUP)为代表的直接法以及以通过标记效应计算基因组育种值的BayesA、BayesB、RRBLUP法为代表的间接法。由于家禽的群体相较于奶牛和猪来说群体较大，世代较多，因此在家禽中最常用的方法为SSGBLUP。

剩余采食量(Residual Feed Intake，RFI)定义为实际采食量与预期采食量之差，将能量分为维持能和代谢能，在个体中的表现主要是个体代谢效率上的差异，与体重等生产指标不存在相关性，可以作为一个更好的指标衡量饲料效率。

综上，在当前家禽饲养成本(饲料、人工、环境控制等)急剧飙升的大背景下，利用SNP整合的基因组选择法对复杂RFI性状进行选择提高，即可节省新品系选育的成本，又可以提高配套制种的成功率，助力提高育种效率，加快我国黄羽肉鸡自主品系培育，尽快缓解种源依赖国外品种的现状。

发明内容

本发明的目的是提供与黄羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的SNP标记及其应用。

本发明的另一目的是提供一种提高黄羽肉鸡剩余采食量遗传进展的基因组选择方法。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供与黄羽肉鸡剩余采食量性状显著相关的SNP标记，包括标记rs317793149、rs315554811、rs16346910和rs15045976；

其中，标记rs317793149含有黄羽肉鸡14号染色体上第3,022,607bp处多态性为A/G的核苷酸序列；