[发明专利]一种胎儿亲子关系鉴定方法

说明书

本发明公开了一种胎儿亲子关系鉴定方法，包括选定具有多样性差异的位点组；获得外周血游离DNA中各个位点的深度分布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各个位点的基因型；基于随机信息位点集G1，获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度记为P1；基于必然信息位点集G2，获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度记为P2；选取和待检孕妇和待检疑父无亲缘关系的随机男性DNA样本N个记为Fi,再计算每位随机男性对应的P2(i)；按照H＝P2/P1和Hi＝P2(i)/P1分别计算H值和Hi值，并根据H值与{Hi}的显著性差异确定待检疑父与待检孕妇所怀胎儿的亲子关系；该鉴定方法不依赖对胎儿进行分型，适用于更低浓度的孕妇游离DNA样本，该方法操作简单且鉴定准确率高。

技术领域

本发明涉及亲子鉴定技术领域，具体涉及一种胎儿亲子关系鉴定方法。

背景技术

目前，针对胎儿的亲子鉴定方法，一般是在胎儿到达13～14周后通过羊水 穿刺，或通过绒毛膜活检等获得样本，再采用亲子鉴定试剂盒对供精方进行亲 子鉴定，并判定胎儿的生物学父亲；然而，该方法需要获取羊水以及胎儿绒毛 膜样本，对孕妇或胎儿造成不必要的医疗风险，而且样本获取时需要胎儿达到 一定周数，检测时间存在一定限制。

发明内容

本发明的目的在于提供一种胎儿亲子关系鉴定方法，该方法无需获取羊水 或胎儿绒毛膜，能够避免医疗风险；此外，该方法无需对胎儿进行分型，适用 于更低浓度的孕妇游离DNA样本。

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

本发明第一方面提供一种胎儿亲子关系鉴定方法，所述鉴定方法包括如下 步骤：

(a)根据孕妇人群的基因序列，选定具有多样性差异的位点组，并记为G；

(b)获取待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA，并分 别对待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA中与G相同的位 点进行高深度测序，并根据测序结果获得外周血游离DNA中各个位点的深度分 布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各个位点的基因型；

(c)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和外周血游离DNA中 各个位点的深度分布，选取位点集，并记为G1，G1选取条件为：测序深度高 于阈值时，该位点上至少有2种多态性位点，且对应于白细胞DNA上为纯合子； 随后，对选取的G1上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在 待检孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P1，其中，P1为使得式1取得最大值 的p值，

式1中，p为胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，Xi为相应位点的 多态性深度分布；

(d)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和待检疑父DNA中各 个位点的基因型，选取位点集，并记为G2，G2选取条件为：待检孕妇白细胞 DNA和待检疑父DNA为不同基因型纯合子的位点；随后，基于待检孕妇外周血 游离DNA在G2上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在待检 孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P2，其中，P2为使得式2取得最大值的p 值，

(e)选取和待检孕妇和待检疑父无亲缘关系的随机男性DNA样本N个， 并记为Fi,再根据步骤(d)计算每位随机男性对应的P2(i)，其中，i为1， 2，3…N；

(f)按照H＝P2/P1和Hi＝P2(i)/P1分别计算H值和Hi值，并根据H值 与{Hi}的显著性差异确定待检疑父与待检孕妇所怀胎儿的亲子关系。