[发明专利]一种区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法

权利要求书

1.一种区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：包括，受体与配体建模：删除烯酰-ACP还原酶的B链以及B链中结合的NAD+，删除受体中所有水分子，将结合有NAD+的A链作为下一步的分子对接使用的受体，并将NAD+与TCS加入氢原子，配体分子用sybyl7.3中的Sketch Molecule模块构建，并用sybyl7.3内Minimize模块进行结构优化；

分子对接：使用sybyl7.3中的Surflex-Dock模块将配体分子对接到受体中，对接时，使用Ligand模式，产生受体结合口袋，将配体与受体进行对接；每个配体化合物生成20个结合构象，以得分最高的构象作为最有可能的生物活性构象进行下一步的分子动力学模拟；

分子动力学模拟：在sybyl的Tripos力场下将配体分子分别用分子力学程序minimize进行优化，用powell能量梯度法，原子载电荷用Gasteiger-Huckel电荷，优化后的配体放入database中；在进行分子动力学模拟前，系统先经受5,000步的能量最小化，然后用NVT和NPT来平衡系统；每个系统在NVT系统中被模拟为500ps，在能量最小化的情况下从0到300K逐渐加热，并且在NPT系综中在300K下500ps平衡，然后采用Gromacs5.1.2软件包进行20ns的分子动力学模拟，在分子动力学模拟20ns时分析配体与受体之间的氢键、π-π堆积、卤键相互作用，并每2ps记录一次轨迹；

在分析配体与受体之间的氢键、π-π堆积、卤键相互作用时，判断配体是否与受体上结合的NAD+或受体的氨基酸残基ALA196形成氢键或π-π堆积；若配体未与受体上结合的NAD+或受体的氨基酸残基ALA196形成氢键或π-π堆积，则分析构象变化，判断PRO154-ASN157helix-loop区、PHE251-ASN257 loop-helix区以及THR206-MET216 helix是否出现相互靠近的现象造成受体口袋入口闭合。

2.如权利要求1所述的区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：所述分子对接过程中，阈值(Threshold)设为0.5，膨胀系数(Bloat)为0。

3.如权利要求1所述的区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：所述分子对接，其中，所述产生受体结合口袋，为将TCS作为阳性物质，以TCS结合位点为中心产生受体结合口袋，预测构象与真实构象之间的RMSD为

4.如权利要求1所述的区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：所述在sybyl的Tripos力场下将配体分子分别用分子力学程序minimize进行优化，其中，最大优化次数为100步，0.05KJ/mol。

5.如权利要求1所述的区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：在分子动力学模拟过程中，配体分子以及受体分子中的NAD+分子使用Amber的GAFF力场，具体过程为先使用Gaussian09 D01优化分子的结构，计算静电势，拟合RESP电荷，然后用Ambertools中的模块antechamber生成resp文件，使用acpype.py脚本生成Gromacs可用的分子拓扑文件，受体蛋白质的拓扑文件用pdb2gmx生成，使用Amber99sb.ff力场，以距离受体蛋白质-配体分子表面至少2nm构建盒子，并填充TIPP3P水分子，即受体蛋白质与边缘至少有2nm水分子。

6.如权利要求1所述的区分PBDEs衍生物对烯酰-ACP还原酶活性效应模型的构建方法，其特征在于：所述分子动力学模拟，包括以TCS结合位点为中心作为受体结合口袋。