[发明专利]一种基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法及其应用

权利要求书

1.一种基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于包括如下步骤：

S1：收集试验林所有个体的行列号，形成空间定位数据；

S2：测定试验林所有个体的表型性状，形成表型数据；

S3：提取试验林所有个体以及未参与田间试验的待检测个体的DNA，采用全基因组重测序进行SNP基因分型，将基因分型数据记录为0、1、2的SNP标记矩阵，根据SNP标记矩阵构建全部个体的基因组关系矩阵G；

S4：构建以下GBLUP模型：包含了表型值y，总体均值μ，随机效应值和残差e，其中随机效应的矩阵为基因组关系矩阵G，并使用US结构拟合个体遗传竞争效应，残差效应为随机误差效应和AR1结构拟合的环境空间误差效应，利用REML法对表型数据进行基因组选择分析，估算环境误差方差和遗传方差，分析公式为：

y=Xb+Zu+e；

其中，y代表试验林所有个体表型性状的测量值，b代表固定效应值，X代表固定效应的设计矩阵，u代表随机效应值，Z代表随机效应的设计矩阵，e代表残差效应；

S5：根据广义遗传力公式计算求得广义遗传力估计值，所述广义遗传力公式为：

H²=Vc/Vp；

其中H²代表广义遗传力，Vc为遗传方差，Vp为表型方差。

2.根据权利要求1所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S3所述基因分型数据是采用全基因组重测序对全部个体多态性的基因分型数据集。

3.根据权利要求2所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S3所述基因分型数据是将所述全基因组重测序进行SNP基因分型，得到的分型结果选取SNP最小等位基因频率0.01作为质量控制标准，剔除MAF低于0.01的SNP得到。

4.根据权利要求1所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S4所述模型为通用线性模型。

5.根据权利要求1所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，

步骤S3所述全基因组重测序的平台为Illumina HiSeq^TM平台；

步骤S3所述基因组关系矩阵G采用R程序包synbreed生成。

6.根据权利要求1-5任一项所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S1所述试验林为种源试验林、子代测定林或无性系试验林。

7.根据权利要求1-5任一项所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S1所述试验林的树种为桉树。

8.根据权利要求1-5任一项所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法，其特征在于，步骤S2所述表型性状为胸径、树高、材积、通直度、木材密度或纤维含量。

9.权利要求1-8任一项所述的基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法在林木遗传育种上的应用。