[发明专利]一种检测体细胞突变的方法及装置

权利要求书

1.一种检测体细胞突变的方法，其特征在于，包括：

候选突变提取步骤，包括根据比对文件中的彩色德布鲁恩图、比对信息中的至少一种，所述比对文件中的比对信息选自CIGAR字符串、MD字符串中的至少一种，从待测样本、相应的对照样本的测序数据中提取候选突变，根据彩色德布鲁恩图提取候选突变的方法包括：合并待测样本的测序数据与对照样本的测序数据，比对到参考基因组上，通过局部序列组装，得到彩色德布鲁恩图，通过判断图路径中的颜色，找出非参考基因组特有的路径，提取出候选突变；

过滤步骤，包括对提取的候选突变进行过滤，去除不符合判定条件的突变；

计算步骤，包括根据过滤的候选突变，计算质量特征值，根据所述质量特征值，对候选突变集进行过滤，得到突变检测结果。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，候选突变提取步骤中，包括将待测样本、对照样本的下机数据比对到参考基因组上，获得比对文件，然后根据比对文件中的彩色德布鲁恩图、比对信息中的至少一种，从成对的待测样本、对照样本的比对文件中提取候选突变。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述比对文件选自BAM文件、CRAM文件、SAM文件中的至少一种。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，根据比对文件中的比对信息提取候选突变的方法包括：通过分析待测样本、相应的对照样本的测序数据与参考基因组中的比对信息差异，提取出候选突变。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述比对文件中的比对信息为CIGAR字符串时，根据CIGAR字符串提取候选突变的方法包括：通过分析待测样本、对照样本的测序数据与参考基因组中的CIGAR字符串差异，提取出候选突变。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，过滤步骤中，包括根据序列支持数、序列频率中的至少一种进行过滤，去除不符合判定条件的突变。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述过滤步骤包括，根据待测样本测序数据的序列支持数、相应的对照样本测序数据的序列支持数、待测样本测序数据的序列频率、相应的对照样本测序数据的序列频率进行过滤，去除不符合判定条件的突变。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述过滤步骤包括，遍历所述候选突变提取步骤获得的候选突变中的突变，计算每一个突变位置上，待测样本测序数据中支持突变的测序序列频数AD、相应的对照样本测序数据中支持突变的测序序列频数NAD、待测样本测序数据中测序序列频率VAF、相应的对照样本的正常突变等位基因频率NVAF，根据AD、NAD、VAF和NVAF过滤候选突变。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，VAF=Allele Depth/Total Depth，其中，Allele Depth为支持突变的读长的数量，Total Depth为该突变测序深度。

10.权利要求8所述的方法，其特征在于，所述根据AD、NAD、VAF和NVAF过滤候选突变，具体包括，根据AD、NAD、VAF和NVAF与各自阈值的大小关系，移除不符合判定条件的突变。

11.权利要求8所述的方法，其特征在于，所述根据AD、NAD、VAF和NVAF过滤候选突变，具体包括，移除候选突变中 AD小于AD阈值的突变，或者移除NAD大于NAD阈值的突变，或者移除VAF小于VAF阈值的突变，或者移除NVAF大于NVAF阈值的突变。

12.如权利要求1所述的方法，其特征在于，过滤步骤中，还包括在根据序列支持数、序列频率中的至少一种进行过滤，去除不符合判定条件的突变之后，对待测样本、相应的对照样本中的胚系突变进行过滤。