[发明专利]一种用于新型冠状病毒核酸检测的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物及试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于新型冠状病毒核酸检测的多重实时荧光RT‑PCR引物探针组合物及试剂盒。该试剂盒包含检测SARS‑CoV‑2的ORF1ab基因和N基因的多重实时荧光RT‑PCR引物和探针；其中用于扩增ORF1ab基因的上游引物如SEQ ID NO：1所示、下游引物如SEQ ID NO：2所示，用于检测ORF1ab基因的探针序列如SEQ ID NO：3所示；用于扩增N基因的上游引物如SEQ ID NO：4所示、下游引物如SEQ ID NO：5所示，用于检测N基因的探针序列如SEQ ID NO：6所示。经过中美两国临床验证，可满足国内外临床样本的检测。

技术领域

本专利属于医疗体外诊断领域，涉及一种用于新型冠状病毒核酸检测的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物及试剂盒。

背景技术

国家卫健委发布的各版《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》(现更新至试行第八版)，均明确将实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸阳性列为确诊标准之一，及时准确地鉴定出SARS-CoV-2，是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)得以合理临床治疗和疫情科学防控的前提基础。

然而，疫情暴发之初，国家药品监督管理局启动《医疗器械应急审批程序》以满足大量检测需要，所致试剂厂商在最短时间内完成了核酸检测试剂盒的研发和审批，对试剂盒检测原理和性能参数设置上难免存有瑕疵。具有临床表现而核酸检测连续多次阴性，以及临床症状减轻却核酸检测“复阳”病例的接续报道，反映出核酸检测试剂盒所存在的一定问题。其中，用于病毒核酸检测的PCR引物及探针的设计，以及多靶标同步扩增的体系参数设置，是影响检测方法特异度和灵敏度的关键因素。当前，已投入临床使用的商品化试剂盒，在其PCR引物及探针设计时，大多仅以我国最初报道的Wuhan-Hu-1病毒株(NC_045512)作为设计模板，而SARS-CoV-2作为RNA病毒易发生变异，从而造成一定程度的漏检。目前，我国境内疫情基本得到控制，但全球疫情仍在蔓延，抗疫重点转向防控境外输入，在这一新形势下，试剂盒能否满足境外病毒流行株的检出显得尤为重要。

发明内容

鉴于现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种用于SARS-CoV-2核酸检测的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物及试剂盒，以实现对国内外已报道SARS-CoV-2的检出，解决现有试剂盒存在的漏检问题。

本发明的技术方案如下：

一种用于新型冠状病毒检测的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物，包含检测SARS-CoV-2的ORF1ab基因和N基因的多重实时荧光RT-PCR引物和探针；其中用于扩增ORF1ab基因的上游引物如SEQ ID NO：1所示、下游引物如SEQ ID NO：2所示，用于检测ORF1ab基因的探针序列如SEQ ID NO：3所示；用于扩增N基因的上游引物如SEQ ID NO：4所示、下游引物如SEQ ID NO：5所示，用于检测N基因的探针序列如SEQ ID NO：6所示。

作为本发明的一种优选，所述的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物，还包含检测人β-Actin基因的多重实时荧光RT-PCR引物探针组合物。

作为本发明的进一步优选，用于扩增人β-Actin基因的上游引物如SEQ ID NO：7所示，下游引物如SEQ ID NO：8所示，用于检测人β-Actin基因的探针序列如SEQ ID NO：9所示。

本发明探针的两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。本发明探针的5’修饰物选自本领域常用的报告荧光基团，如FAM、Texas Red、JOE；本发明探针的3’修饰物选自本领域常用的淬灭荧光基团，如BHQ1、BHQ2、ECLIPSE。且每个基因的报告荧光基团和淬灭荧光基团不相同。

作为本发明的一种优选，用于检测ORF1ab基因的探针5’修饰FAM，3’修饰BHQ1；用于检测N基因的探针5’修饰Texas Red，3’修饰BHQ2；用于检测人β-Actin基因的探针5’修饰JOE，3’修饰ECLIPSE。