[发明专利]检测基因突变及表达量的方法及装置

权利要求书

1.一种检测基因突变及表达量的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，提取待检测样本RNA，将所述待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；

S2，采用所述cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集步骤构建基因文库；

S3，利用捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；

S4，利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；

S5，分析所述RNA靶向测序数据中基因突变及表达量的变化；

所述S5具体包括：

S51，基因表达量分析：使用RPKM方法定量评估所述检测样本中目标基因的表达量；

S52，基因过表达分析：调取基线样本群体，分析所述目标基因的RPKM值分布，确定所述目标基因表达量高低的阈值，根据所述待检测样本的目标基因的RPKM值，判断所述待检测样本的目标基因是否为过表达；

S53，基因融合分析：过滤掉属于同一基因家族的融合基因、属于同一旁系同源组的融合基因、来源于同一基因模型的融合基因，根据阈值过滤未满足条件的融合基因，获得所述检测样本中融合基因；

S54，融合突变相对表达量分析：根据看家基因的表达定量结果和所述S53中获得的基因融合分析的结果进行表达量校正标准化，得到融合基因的相对表达量；

S55，单核苷酸变异分析：通过基因比对确定变异单核苷酸；

S56，单核苷酸变异表达量分析：根据所述单核苷酸变异分析的结果和看家基因的表达定量结果和序列比对的统计结果，进行单核苷酸变异的表达定量分析，得到单核苷酸变异的表达量。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S5还包括：过滤掉低质量的测序数据和含有接头序列的reads并进行质控后，得到符合标准的数据再进行分析所述RNA靶向测序数据中基因突变及表达量的变化，其中，所述质控步骤包括：

将过滤掉低质量的测序数据和含有接头序列的reads后得到的测序数据比对到参考基因组，得到序列比对结果，对比对结果进行质量控制评估，符合如下三项指标后进行后续分析：1)序列回帖比对率，阈值，＝80％；2)目标区域数据量，阈值，＝2M；3)表达的看家基因个数＝4。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S53中，所述阈值如下表：

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S54中，所述表达量校正标准化采用的标准化公式如下：

其中，SeedReads+RescueReads表示跨融合断点的reads，HKA表示看家基因A，HKB表示看家基因B，HKC表示看家基因C，count表示测序序列与参考基因组比对上的序列数目，length表示测序序列与参考基因组比对上的序列长度。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S4中采用双端或单端模式进行测序。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S56中，所述单核苷酸变异的表达量计算公式为：

其中，Gene Average Depth表示基因的平均深度；

ALT count表示突变的深度；

HK_expression_Coeffient表示根据样本中看家基因的表达量与标准品中看家基因的表达量计算表达量变化系数。