[发明专利]小panel探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法有效
申请号: | 202011212472.5 | 申请日: | 2020-11-03 |
公开(公告)号: | CN112195219B | 公开(公告)日: | 2021-05-07 |
发明(设计)人: | 王维锋;郭明慧 | 申请(专利权)人: | 至本医疗科技(上海)有限公司;上海至本医学检验所有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06 |
代理公司: | 上海百一领御专利代理事务所(普通合伙) 31243 | 代理人: | 王奎宇;甘章乖 |
地址: | 201200 上海市浦东新*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | panel 探针 靶向 捕获 富集 序文 分子 方法 | ||
1.一种探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的降噪方法包括以下步骤:
S1,获取含有文库、探针以及链霉亲和素磁珠的杂交产物,所述的探针是小panel探针;
S2,在含有文库、探针以及链霉亲和素磁珠的杂交产物中加入预热的漂洗缓冲液,所述的预热的温度范围为63-69℃;
S3,通过物理振荡的方法去除非特异性杂交,所述的物理振荡是涡旋,涡旋的时长为3-5秒钟;
S4,将去除非特异性杂交的杂交产物移至一个干净的容器,所述的干净是指容器是空的并且内壁低核酸吸附,所述的容器是LoBind管;
重复S2-S4的步骤1-3次;
S5,获得漂洗后的、含有文库分子和探针的杂交产物。
2.根据权利要求1所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的物理振荡之后通过短暂离心将含有文库、探针以及链霉亲和素磁珠的杂交产物集中到容器底部。
3.根据权利要求1所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的杂交产物移至一个干净的容器通过快速转管实现。
4.根据权利要求1所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的将杂交产物移至干净的容器,是使用移液装置将物理振荡后的杂交产物移至干净的离心管。
5.根据权利要求4所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的离心管的内侧管壁核酸吸附量低。
6.根据权利要求1至5之一所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的降噪方法的整个过程内,温度控制在50-72℃。
7.根据权利要求1至5之一所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法,其特征在于,所述的探针包括探针本身、与荧光分子偶联的探针、与生物素偶联的探针或者与小分子标签偶联的探针。
8.权利要求1所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法的应用,其特征在于,使用所述的探针靶向捕获富集测序文库分子的降噪方法制备文库,提高中靶率或者降低rRNA的比例。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述的应用基于探针与文库分子杂交,通过以下步骤实现:
在含有探针、链霉亲和素磁珠、包含目标区域的文库分子的混合物中加入预热的漂洗缓冲液,并涡旋3-5秒钟;
将混合物转移至预热的、干净的、低核酸吸附的离心管孵育4-8分钟;
孵育结束后,将所述的磁珠涡旋3-5秒钟,置于磁力架;
吸弃上清,再次加入预热的漂洗缓冲液,并涡旋3-5秒钟;
将混合物再次转入预热的干净的离心管孵育3-6分钟。
10.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述的探针是特异性识别文库目标区域和/或能够与之结合的物质。
11.根据权利要求8-10中任意一项所述的应用,其特征在于,所述的预热的温度为63-69℃。
12.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,所述的应用是使用IDT的xGenHybridization and Wash试剂盒构建文库;所述步骤还包括热洗脱;
所述的热洗脱的步骤包括但不限于:
(1)预热并保持LoBind管和Stringent Wash Buffer温度在63-69℃;
(2)链霉亲和素磁珠与文库分子孵育45分钟;
(3)转移100μL预热的1×Wash Buffer I到样本中,吹打混匀10次,避免产生过多气泡;
(4)将链霉亲和素磁珠、文库分子和1×Wash Buffer I的混合物全部转移到新的LoBind管中,涡旋5秒钟,将存放链霉亲和素磁珠、文库分子和1×Wash Buffer I的LoBind管静置于磁力架上,溶液完全澄清后吸弃上清;
(5)把步骤(4)获得的混合物从磁力架上移开,转移150μL预热的1×Stringent WashBuffer到样本中,涡旋5秒钟,避免产生过多气泡,转移到新的1.5mL LoBind管;
(6)将步骤(5)获得的存放混合物的LoBind管放在金属浴上孵育5分钟后,涡旋5秒钟,把所述的存放混合物的LoBind管静置于磁力架上,溶液完全澄清后吸弃上清;
(7)重复步骤(5)至(6)一次。
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