[发明专利]一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法

权利要求书

1.一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：获取并优化受体蛋白的晶体结构；

步骤2：构建并优化正构配体分子、非竞争性配体分子结构；

步骤3：将正构配体分子对接到核受体正构结合口袋，构建核受体-正构配体分子复合体，并将非竞争性配体分子放置于远离核受体表面的位置，构建核受体-正构配体分子-非竞争性配体分子三元复合体，并对所述三元复合体进行分子动力学模拟；进行分子动力学模拟的方法为：

首先，使用SwissParam网站对配体分子赋予CHARMM力场，使用GROMACS软件对受体蛋白赋予CHARMM力场；

其次，将三元复合体浸入TIP3P模型水中，构建三元复合体的边缘到水层边缘的距离大于8.5埃米，并加入钠离子和氯离子以平衡体系电荷；

然后，三元复合体经由梯度下降法进行能量最小化，进而通过NVT系综和NPT系综两步平衡模拟使复合体系平衡下来；

步骤4：经分子动力学模拟稳定复合体结构后，进行全局搜索分子动力学模拟；进行全局搜索分子动力学模拟的方法为：

首先，设置集合变量以确定非竞争性配体分子相对于受体蛋白的空间位置信息；

然后，采用GROMACS软件和Plumed软件运行，体系维持在设定气压和温度下，并定量设置高斯高度和宽度；

步骤5：将经全局搜索分子动力学模拟获取的分子运动轨迹进行位置聚类分析，根据非竞争性配体分子在模拟空间范围内的团簇分布进行团簇优先级排序，识别潜在的别构位点。

2.根据权利要求1所述的一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，步骤1中，通过蛋白质数据库获取受体蛋白的晶体结构。

3.根据权利要求1所述的一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，步骤1中，优化受体蛋白的晶体结构的方法为：

首先，检查受体蛋白结构的完整性，并将残缺的氨基酸残基补充完整；

然后，移除受体蛋白的水分子，再对受体蛋白添加氢原子，并赋予AMBER力场。

4.根据权利要求1所述的一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，步骤2中，构建正构配体分子、非竞争性配体分子结构的方法为：

由数据库中获取；或自行绘制配体分子结构；或经由晶体结构提取。

5.根据权利要求1所述的一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，步骤2中，优化正构配体分子、非竞争性配体分子结构的方法为：

首先，由分子力学阿林格力场2进行初步优化；

然后，由鲍威尔梯度算法和特里波力场进行再次优化，添加采用Gasteiger-Huckel方法计算电荷。

6.根据权利要求1-5任一项所述的一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，其特征在于，步骤3中，放置非竞争性配体分子时，非竞争性配体分子到远离核受体表面的距离大于5埃米。