[发明专利]分子标记指纹数据的比对方法、非暂存态存储介质和装置

权利要求书

1.一种分子标记指纹数据的比对方法，其特征在于，包括：

设置指纹和位点ID号：为待比指纹列表和对比指纹列表中包含的所有指纹设置ID号，并将ID号同时绑定指纹包含的位点上；

按照位点分组：分别将待比指纹列表和对比指纹列表中的所有位点过滤出来并按照位点分组后，设置到不同的位点分组中的待比指纹ID列表和对比指纹ID列表中；

按照基因型分组：将每一个位点分组进一步按照基因型分组，得到基因型分组列表；

按基因型比对：将每个基因型分组中的基因型进行比对，若存在差异则构建差异关联信息对，若无差异则忽略之；将所有位点分组逐一处理后，得到所有的差异基因型关联信息对；

统计差异信息：以指纹ID为索引，对所得到的差异基因型关联信息对进行统计。

2.根据权利要求1所述的比对方法，其特征在于，所述分子标记包括SSR分子标记、InDel分子标记和SNP分子标记。

3.根据权利要求2所述的比对方法，其特征在于，在所述按基因型比对中，通过比对字符数据的差异，判断是否存在SNP分子标记的差异位点。

4.根据权利要求2或3所述的比对方法，其特征在于，在所述按基因型比对中，通过比对数字格式的基因型，判断是否存在SSR或InDel分子标记的差异位点。

5.根据权利要求4所述的比对方法，其特征在于，数字格式的基因型的具体比对方法如下：

定义L_x(a_i,b_i)和L_x(a_j,b_j)表示序号x的位点上的两个基因型数据，根据CE平台特性，设置一个碱基偏移量参数offset≤1，并按如下方式计算：

R₁＝(|a_i-a_j|≤offset)

R₂＝(|b_i-b_j|≤offset)

R₃＝(|a_i-b_j|≤offset)

R₄＝(|b_i-a_j|≤offset)

R＝((R₁R₂)||(R₃R₄))

其中，当R为TRUE值时，判定基因型L_x(a_i，b_i)和L_x(a_j，b_j)之间不存在差异，当R为FALSE值时，判定基因型L_x(a_i，b_i)和L_x(a_j，b_j)之间存在差异位点。

6.根据权利要求1～5中任一项所述的比对方法，其特征在于，所述统计差异信息具体包括：

以指纹ID为索引构建一个结果矩阵表，将统计得到的位点差异信息在矩阵表中进行计数；

将所有差异基因型关联信息对完成统计，得到所有指纹间的差异数信息。

7.一种非暂存态存储介质，其储存能够由电子数据处理设备运行的指令，以执行权利要求1～6中任一项所述的比对方法。

8.一种装置，包括：

电子数据处理设备，其被编程以执行权利要求1～6中任一项所述的比对方法。

9.权利要求1～6中任一项所述的比对方法或权利要求7所述的非暂存态存储介质或权利要求8所述的装置在指纹数据建库中的应用。

10.权利要求1～6中任一项所述的比对方法或权利要求7所述的非暂存态存储介质或权利要求8所述的装置在指纹数据筛查中的应用。