[发明专利]一种用于表征肺腺癌气虚痰湿证的肠道菌群组合的筛选方法及肠道菌群组合及模型建立方法

权利要求书

1.一种表征肺腺癌气虚痰湿证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于运用16s RNA测序(16S ribosomal RNA sequencing)方法对经处理的粪便样本进行测序，并运用宏基因组学测序结果进行验证，包括如下步骤：

1)、获取肺腺癌气虚痰湿证、肺腺癌、健康人群的新鲜粪便样本；

2)、提取微生物总DNA；

3)、PCR扩增、定量后在Illumina NovaSeq平台上进行测序；

4)、生物信息分析；

5)、筛选肠道菌群：在属水平上发现有287个重合菌群，其表达丰度前6位的依次是拟杆菌属(Bacteroides)，粪杆菌属(Faecalibacterium)，氏菌属(Roseburia)，巨单胞菌属(Megamonas)，双歧杆菌属(Bifidobacterium)，梭状芽胞杆菌属(Lachnoclostridium)；

6)、筛选具有差异性的肠道菌群组合：首先运用LEfSe(LDA Effect Size)分析方法，在属水平上发现肺腺癌气虚痰湿证和肺腺癌之间存在拟杆菌属(Bacteroides)，狄氏副拟杆菌(Parabacteroides)，普氏菌属(Prevotella)和黄杆菌属(Flavonifractor)这4个菌群重合；其次运用Pearson分析构建了稳定的共生网络，该结果通过了宏基因组学测序验证；最后以拟杆菌属(Bacteroides)，狄氏副拟杆菌(Parabacteroides)，普氏菌属(Prevotella)和黄杆菌属(Flavonifractor)这4个菌群的相对表达丰度作为变量建立逻辑斯蒂(Logistic)回归模型，其AUC值为0.989；代入宏基因组检验结果进行验证，其AUC值为1.0，所述的逻辑斯蒂(Logistic)回归模型如下：

b1＝The relative abundance of Bacteroides

b2＝The relative abundance of Prevotella

b3＝The relative abundance of Parabacteroides

b4＝The relative abundance of Flavonifractor

其中Y为逻辑斯蒂的运算值，e为自然对数。

2.根据权利要求1所述的表征肺腺癌气虚痰湿证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于，其特征在于步骤1)-4)具体包括如下步骤：

1)、获取样本的新鲜粪便样本：清晨收集新鲜粪便5-10g放入采样管中，盖紧，液氮速冻，置于冰箱保藏；

2)、微生物总DNA的提取：常温解冻、经E.Z.N.A.试剂盒提取微生物总DNA，通过琼脂糖凝胶电泳检测DNA提取质量，采用紫外分光光度计对DNA进行定量；

3)、PCR扩增、定量后在Illumina NovaSeq平台上进行测序：PCR扩增，使用靶向区引物对DNA样品进行测序，扩增文库的大小和数量分别在Agilent 2100生物分析仪和Illumina定量试剂盒(Kapa Biosciences)进行评估，在Illumina NovaSeq平台上进行测序；

4)、生物信息分析：使用SILVA数据库和NT-16S进行序列的物种注释，使用QIIME2计算α和β多样性，使用PICRUSt(v1.1.2)进行功能分析。

3.根据权利要求2所述的表征肺腺癌气虚痰湿证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于：

所述的步骤6)中，筛选显著的肠道菌群通过：首先运用LEfSe(LDA Effect Size)分析方法进行初筛，设定P＜0.01和LDA值＞4.0；而后运用Pearson分析构建共生网络获得稳定结果，设定P＜0.01和lcorl值＞0.4。

4.一种用于表征肺腺癌气虚痰湿证的肠道菌群组合，其特征在于，所述的肠道菌群组合在属水平上发现的重合菌群中，分布前6位的是拟杆菌属(Bacteroides)，粪杆菌属(Faecalibacterium)，氏菌属(Roseburia)，巨单胞菌属(Megamonas)，双歧杆菌属(Bifidobacterium)，梭状芽胞杆菌属(Lachnoclostridium)。