[发明专利]胰腺癌miRNA预后模型的确立及靶向基因的筛选方法

说明书

胰腺癌miRNA预后模型的确立及靶向基因的筛选方法，包括hsa‑mir‑424、hsa‑mir‑126、hsa‑mir‑3613和hsa‑mir‑4772，并鉴定了9个关键基因，包括MMP14、ITGA2、THBS2、COL1A1、COL3A1、COL11A1、COL6A3、COL12A1和COL5A2，本发明提供胰腺癌miRNA预后模型的确立方法，利用TCGA和GEO数据库，通过R语言多个安装包对数据进行多步骤分析，与临床信息结合，建立Cox比例风险回归模型寻找预后生物标志物，预测miRNA的靶基因，并利用Cytoscape找出与胰腺癌发生相关的关键基因并且通过KEGG和GO分析预测出这些关键基因的相关分子功能和作用机制，寻找胰腺癌患者的治疗新靶点和预后标志物。

技术领域

本发明涉及基因技术和医学领域，具体涉及胰腺癌miRNA预后模型的确立及靶向基因的筛选方法。

背景技术

胰腺癌和其他肿瘤一样，受多种因素的影响。一般来说，手术切除是胰腺癌根治的唯一选择。但多年来，胰腺癌手术切除率和术后年生存率并没有明显提高，多数患者在诊断时由于广泛转移而失去手术机会，胰腺癌又对放化疗不敏感。因此，寻找新的治疗靶点，研究胰腺癌的发病机制具有重要意义。近年来，随着microRNA(microRNA)的发现及其研究的不断深入，越来越多的miRNA被证明与肿瘤的发生发展密切相关，有研究发现miRNA在胰腺癌的发生发展中有着明显的变化，并与生存率以及患者的预后密切相关。所以，许多研究者都会寻找新的miRNA治疗靶点和研究miRNA调控胰腺癌的发生发展、侵袭转移机制。

但是通过实验研究的方式来寻找新的miRNA生物标志物耗时较长且结果也不一定理想，所以当前针对miRNA与疾病的相关研究，许多研究人员提出应用生物信息学，对miRNA和疾病关联数据进行大规模系统分析，探索miRNA和疾病的规律，阐明疾病相关miRNA 生物学特性，发现新的疾病生物标记物和药物靶标，因此在过去的十年里，许多重大的人类癌症研究项目已经启动，包括癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，癌症基因图集)就是其中之一。TCGA通过大规模高通量基因组测序和芯片技术绘制人类肿瘤的基因组图谱，旨在探索肿瘤发生发展的潜在分子机制，提高人类诊断、治疗和预防肿瘤的能力。目前，数据库包括详细的临床数据、基因组突变数据、转录组数据、miRNAs测序数据等^[10]。GEO(GeneExpression Omnibus，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)，该数据库主要由芯片数据组成，如SNP芯片数据、比较基因组数据、microRNA芯片数据等，此外还包含一些非芯片数据，如基因表达序列分析数据、核糖体序列标签连续分析数据^[11]、质谱数据、蛋白质组学数据和新一代高通量测序数据^[12]等。随着人类基因组计划的完成和生物信息学的迅速发展，对这些数据库资源中相关的肿瘤数据进行搜索、处理和分析，就可以找出治疗癌症的关键靶点。

miRNA在癌症中具有生物学效应，可作为多种癌症的靶标，因此对miRNAs的深入研究将有助于了解癌症的发生发展机制及其生物学功能。

发明内容

本发明的目的是利用生物信息学的方法，通过对癌症数据库中的胰腺癌的数据进行处理分析，建立miRNA预后模型，筛选关键基因，得出与胰腺癌预后有关的生物靶标，为未来研究阐明胰腺癌的致病机理提供了理论依据，也为今后胰腺癌的诊断治疗及病人预后提供新的思路。

发明概述

一方面本发明提供胰腺癌miRNA预后模型，包括hsa-mir-424、hsa-mir-126、 hsa-mir-3613和hsa-mir-4772，并鉴定了9个关键基因，包括MMP14、ITGA2、THBS2、 COL1A1、COL3A1、COL11A1、COL6A3、COL12A1和COL5A2。

另一方面，本发明提供胰腺癌miRNA预后模型的确立方法。