[发明专利]一种数字病理切片图像的自动切图方法有效
申请号: | 202011273550.2 | 申请日: | 2020-11-14 |
公开(公告)号: | CN112381838B | 公开(公告)日: | 2022-04-19 |
发明(设计)人: | 杨一明;郑众喜;周燕燕;袁勇;杨永全;步宏 | 申请(专利权)人: | 四川大学华西医院;成都华西精准医学产业技术研究院有限公司 |
主分类号: | G06T7/11 | 分类号: | G06T7/11;G06T7/66;G06T7/187;G06T3/40 |
代理公司: | 成都高远知识产权代理事务所(普通合伙) 51222 | 代理人: | 李安霞;谢一平 |
地址: | 610000 四*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 数字 病理 切片 图像 自动 方法 | ||
1.一种数字病理切片图像的自动切图方法,其特征在于包括以下步骤:
S1、将数字病理全切片图像I从40x图缩小为1x图I′,通过深度学习FCN网络提取1x图I′的组织区域mask,生成轮廓M;
S2、计算轮廓M的质心坐标(xc,yc)以及长轴L的长度;
S3、设置需要提取的图像块的参数,包括以下步骤:
S31、在图像I中遍历每个图像块T,获得第i个图像块T的中心坐标(xi,yi),
S32、将每个图像块T映射到1x图I′中,得到1x图I′上图像块T′的中心坐标(x1,y1),其中
S33、计算图像块T′的中心坐标(x1,y1)与质心坐标(xc,yc)的距离dist,其中
S4、计算智能切图因子R,公式为
其中,f()表示向下取整,max[x,y]表示取x和y中的最大值;
S5、计算稀疏矩阵A,稀疏矩阵A的大小与图像块T对应,稀疏矩阵A行元素有h个,列元素有w个,稀疏矩阵A的行元素中有R个非零元素,稀疏矩阵A的列元素中有R个非零元素,稀疏矩阵A中的非零元素均匀分布;
S6、获得稀疏矩阵A中非零元素的坐标矩阵XY,
R=n时,
其中x0=iw,x1=iw+(w-1)/(n-1),...,xn=iw+n*(w-1)/(n-1),
y0=ih,y1=ih+(h-1)/(n-1),...,yn=ih+n*(h-1)/(n-1);
S7、获得稀疏矩阵A中非零元素映射到1x图I′的坐标矩阵XY′,
S8、遍历坐标矩阵XY′是否在轮廓M内,
若坐标在轮廓M内,则对该图像块进行切图操作,
若坐标不在轮廓M内,则放弃对其操作。
2.根据权利要求1所述的自动切图方法,其特征在于:步骤S5中,R=2,
3.根据权利要求1所述的自动切图方法,其特征在于:步骤S5中,R=3,
4.根据权利要求1所述的自动切图方法,其特征在于:步骤S6中,R=3,
其中x0=iw,x1=iw+(w-1)/2,x2=iw+(w-1),
y0=ih,y1=ih+(h-1)/2,y2=ih+(h-1)。
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