[发明专利]一种与萝卜抽薹性紧密连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及分子生物学领域，尤其公开了一种与萝卜抽薹性紧密连锁的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列，自5’端起的第347位碱基为A/C，可指示萝卜早抽薹/晚抽薹性状的多态性。本发明通过设计引物对该分子标记进行PCR扩增，并利用MaeⅡ限制性内切酶对PCR扩增产物进行酶切处理，即可判断萝卜样品的基因型，从而对其抽薹性进行推断。为深入解析萝卜抽薹性状的分子机制、验证抽薹基因生物学功能以及耐抽薹萝卜辅助育种奠定基础。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种与萝卜抽薹性紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

萝卜是低温长日照作物，冬春季节播种的萝卜受低温影响，很快便开始花芽分化，春季回暖后再较长日照条件下很快进入生殖生长阶段,从而发生先期抽薹的现象。萝卜抽薹后其肉质根便不再生长，积累的营养物质转而提供给生殖生长，最终导致萝卜糠心，不再具有商品价值。抽薹性状是萝卜上一种重要的农艺性状，是影响萝卜产量和品质的重要性状之一。发掘萝卜耐抽薹基因，阐明耐抽薹机制，培育耐抽薹品种萝卜是解决这一问题的关键。开发抽薹性分子标记将有助于耐抽薹萝卜的辅助育种。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种与萝卜抽薹性紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明的技术方案如下：本发明首先提供一种与萝卜抽薹性紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记Rsa19453，所述SNP分子标记为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列，自5’端起的第347位碱基，其碱基为A或者C，所述SNP分子标记定位于萝卜第2号染色体上；当所述分子标记碱基全为A时，与分子标记紧密连锁的性状表现为晚抽薹；当所述分子标记碱基全为C时，与分子标记紧密连锁的性状表现为早抽薹。

本发明还提供了用于扩增所述SNP分子标记的引物对，序列如下：

F:5’-GCCTCATCACAGTTCTTGCG-3’(SEQ ID NO:2)；

R:5’-GGATATTCAGGGAAGTAGAACAC-3’(SEQ ID NO:3)。

本发明还提供了一种萝卜抽薹性检测试剂盒，所述试剂盒包含用于检测所述SNP分子标记是否存在的试剂。

进一步地，所述试剂盒包含前述引物对，以及MaeⅡ限制性内切酶。

本发明还提供了一种鉴定萝卜抽薹性状的方法，包括如下步骤：

(1)提取待测萝卜基因组DNA；

(2)以待测萝卜基因组DNA为模板，利用用于扩增所述SNP分子标记的所述引物对进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；

(3)利用MaeⅡ限制性内切酶对PCR扩增产物进行酶切，根据酶切结果，判断待测萝卜样品的抽薹性。

所述方法中，利用琼脂糖凝胶电泳对酶切结果进行检测和判断：

若PCR扩增产物被酶切而得到酶切片段，则待测萝卜样品为早抽薹性状；若PCR扩增产物无法被酶切而得到酶切片段，则待测萝卜样品为晚抽薹性状。

PCR扩增时的PCR体系为20μL，包括：

DNA模板：5ng

引物正向：0.5μL

引物反向：0.5μL

dNTP:2.0μL(使用浓度2.0Mm)

Mg:1.2μL(使用浓度2.5mM)

10×PCR buffer:2.0μL

Taq酶：0.2μL