[发明专利]一种基于基因组学构建烟草核心种质的方法及其应用

权利要求书

1.一种基于基因组学构建烟草核心种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取原始群体烟草样本基因组DNA，进行DNA样品检测、建库、简化基因组测序，获得测序数据；

2)对步骤1)获得的测序数据进行质量控制、比对参考基因组，检测、筛选获得SNP位点；

3)对步骤2)获得的SNP位点进行群体分层、IBS和K-means分析，确定原始群体的子群；

4)对步骤3)获得的子群进行随机抽样、结合资源背景筛选，构建烟草核心种质。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1)所述DNA样品检测包括：琼脂糖凝胶电泳分析DNA的纯度和完整性，Qubit对DNA浓度进行精确定量。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1)所述基因组测序为：利用Illumina测序平台，进行Paired-End 150测序。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)所述的质量控制包括原始数据过滤，所述原始数据过滤条件为：过滤掉含有接头序列的reads；当单端测序read中N的含量超过该条read长度比例的10％时，去除此对pairedreads；当单端测序read中含有的低质量碱基数超过该条read长度比例的50％时，需要去除此对pairedreads。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)所用的参考基因组为2017年公开的K326基因组，基因组大小为5647214453bp，含N长度1609547026bp，群体样本平均比对率为47.51～99.92％，对基因组的平均测序深度为10.63X，1X覆盖度在1.19％以上。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)所述的SNP位点检测为群体SNP的检测。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)所述的SNP位点筛选的过滤条件为dp3、Miss0.4、Maf0.001。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)所述的群体分层分析包括主成分分析、群体进化树分析。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)所述的K-means为基于R语言的K-means分析。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤4)所述子群随机抽样比例为12％。