[发明专利]一种与中国荷斯坦奶牛血清镁离子浓度相关的SNP分子标记

说明书

本发明提供了一种与中国荷斯坦奶牛血清镁离子浓度相关的SNP分子标记，属于分子育种技术领域。本发明在对中国荷斯坦奶牛进行全基因组扫描后，在其中显著关联的SNP位点中发现一项未公开发表的SNP位点，位于奶牛3号染色体KCNA2基因附近，距离28874bp处发生T/C突变。利用全基因组关联分析（GWAS）与高通量测序技术，可以更高效的揭示奶牛血清中离子浓度变化的遗传机制。

技术领域

本发明属于分子育种技术领域，具体涉及一种与中国荷斯坦奶牛血清镁离子浓度相关的SNP分子标记。

背景技术

荷斯坦奶牛是目前世界上产奶量最高，饲养量最多的奶牛品种。该品种起源于北荷兰省和西弗里斯兰省，因外观被毛为黑白相间分布的色块，又被称为黑白花奶牛。上世纪50年代后通过与中国本地黄牛杂交并引入中国部分地区，在不断的驯化和选育中逐渐分布到全国各地，成为中国大规模饲养的奶牛品种，1992年由“中国黑白花奶牛”正式更名为“中国荷斯坦奶牛”。经过选育的中国荷斯坦奶牛体格健壮匀称，颜色分明，泌乳系统发育良好。由于引进的公牛品种不同以及饲养环境的差别，中国荷斯坦奶牛大致分为三种体型：大型荷斯坦奶牛多是引进了美国荷斯坦奶牛血统，成年母牛体高在1.35m左右，体重可以达到600Kg；中型奶牛的父系血统主要是欧洲国家中等体型的荷斯坦公牛，成年母牛体高在1.33m以上；小型奶牛则是将引进的荷斯坦公牛与本地小型的母牛进行杂交选育，成年母牛体高在1.30m左右。

中国荷斯坦奶牛在大部分地区为乳用型，华南部分地区偏向肉乳兼用型。经过特殊选育的奶牛，全群平均年产乳量可以达到9000Kg以上，在一个泌乳期中的产乳量可以达到1万Kg以上，牛乳中蛋白质、脂质等营养成分丰富。然而我国人均牛奶占有量少，乳品质较低依旧是整个行业都急需解决的问题。只有提升我国奶牛群体的整体遗传水平，才能从根本上改善奶牛健康状况与生产水平。

血液中离子的浓度涉及到机体内酸碱平衡、维持细胞稳态、合成组织蛋白、细胞膜电位、酶促反应的正常进行以及维持渗透压等多种生化过程。显然，电解质矿物质在机体的一系列代谢活动中起着重要的作用，电解质矿物质浓度的失衡会导致机体的不适状态。镁离子在动物机体内具有重要意义，其功能包括维持骨骼和牙齿健康，支持神经与肌肉的活动；酶的激活，能量、蛋白质和脂肪的代谢活动等都离不开镁离子。利用全基因组关联分析（GWAS）与高通量测序技术，可以更高效的揭示奶牛血清中离子浓度变化的遗传机制。

发明内容

本发明的目的是提供一种与中国荷斯坦奶牛的血清中镁离子浓度相关的SNP标记及其应用。

为实现上述目的，采用以下技术方案：

一种与中国荷斯坦奶牛血清镁离子浓度相关的SNP分子标记，其SNP位点距离中国荷斯坦奶牛的KCNA2基因（Bos_taurus_UMD_3.1.1，Gene ID: 539608）序列的28874bp处，发生了T/C突变。

本发明采用全基因组高通量芯片测序技术对中国荷斯坦奶牛进行全基因组扫描。本发明研究样本总量为1217头中国荷斯坦奶牛，其中包括48个半同胞系，采用了50K芯片(BovineSNP; Illumina, San Diego, CA, USA)和26K芯片(GeneSeek, NeogenCorporation, Lincoln, NE, USA)的组合式检测法。

本发明检测出中国荷斯坦奶牛血清中镁离子浓度相关的单核苷酸突变位点。

本发明中的全基因组扫描结果采用R软件中，利用FarmCPU(Fixed and randommodel Criculating Probability Unification)算法进行线性回归分析，确定与目标性状显著相关的单核苷酸突变位点。

本发明的优点在于：