[发明专利]一种扩增PKD1基因的引物组及试剂盒

权利要求书

1.一种用于二代高通量测序中扩增PKD1基因的长片段PCR引物组，其特征在于，所述长片段PCR引物组包括以下引物对：

1)第一引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的上游引物与核苷酸序列如SEQID NO:2所示的下游引物；

2)第二引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的上游引物与核苷酸序列SEQ IDNO:4所示的下游引物；

3)第三引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示的上游引物与核苷酸序列SEQ IDNO:6所示的下游引物；

4)第四引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO:8所示的下游引物。

2.根据权利要求1所述的PCR引物组，其特征在于，所述PCR引物组还包括以下特征中的一项或几项：

1)第一引物对扩增的区域中包括PKD1基因24-46号外显子；

2)第二引物对扩增的区域中包括PKD1基因15-33号外显子；

3)第三引物对扩增的区域中包括PKD1基因2-15号外显子；

4)所述第四引物对扩增的区域中包括PKD1基因1号外显子。

3.根据权利要求1所述的PCR引物组，其特征在于，所述PKD1基因为人PKD1基因。

4.用于扩增PKD1基因的扩增体系，其特征在于，所述扩增体系包括第一扩增体系、第二扩增体系、第三扩增体系和第四扩增体系，所述第一扩增体系包括所述第一引物对，第二扩增体系包括所述第二引物对，第三扩增体系包括所述第三引物对，第四扩增体系包括所述第四引物对，其中：

1)第一引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的上游引物与核苷酸序列如SEQID NO:2所示的下游引物；

2)第二引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的上游引物与核苷酸序列SEQ IDNO:4所示的下游引物；

3)第三引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示的上游引物与核苷酸序列SEQ IDNO:6所示的下游引物；

4)第四引物对：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO:8所示的下游引物。

5.根据权利要求4所述的扩增体系，其特征在于，所述扩增体系还包括以下特征中的一项或几项：

1)所述第四扩增体系包括下述成分：总量为50～150ng的DNA模板、终浓度为150～300nM的第四引物对、酶活总量为0.5～2.5U的DNA聚合酶、终浓度为400～500μM的dNTP混合物；

2)所述第一扩增体系、第二扩增体系、第三扩增体系包括下述成分：总量为50～200ng的DNA模板、终浓度为150～300nM的第一、第二或第三引物对、酶活总量为0.5～2.5U的DNA聚合酶、终浓度为400～500μM的dNTP混合物。

6.一种用于扩增PKD1基因的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1-3任一所述的PCR引物组。

7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括用于从样品中提取基因组DNA的试剂，以及利用所述引物组进行长片段PCR反应的试剂。

8.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，利用所述引物进行长片段PCR反应的试剂包括DNA聚合酶、PCR缓冲液、dNTP混合物和水性介质。

9.权利要求1-3任一所述的扩增PKD1基因的PCR引物组和/或权利要求4-5任一所述的扩增体系在制备检测PKD1基因变异产品中的用途。

10.根据权利要求9所述的用途，其特征在于，所述检测PKD1基因变异产品用于检测PKD1基因的变异、多囊肾发病原因的判断、治疗方案的选择、和/或指导优生优育。

11.一种非诊断目的的体外检测PKD1基因突变的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

1)配制权利要求4或5所述的用于扩增PKD1基因的扩增体系，进行PCR扩增；

2)将PCR扩增产物依次进行文库构建、高通量测序；

3)数据质控及分析：将测序得到的PKD1基因序列与PKD1假基因位点数据库比较；若数据中无假基因污染，则进行PKD1真基因变异检测；若数据中有假基因污染，则证明扩增体系不合格，排查原因后重新扩增。