[发明专利]HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法

说明书

本发明公开一种HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法。其中所述HLA的一个SNP检测试剂盒包括引物一、引物二、探针一以及探针二；所述HLA的一个SNP检测方法包括以下步骤：获得待测样品的基因组DNA，利用所述引物一、所述引物二、所述探针一和所述探针二，以所述基因组DNA为模板，进行荧光PCR扩增，收集并分析荧光信号，从而获取HLA的一个SNP等位基因扩增量的比值。本发明HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法提高了检测HLA的一个SNP的准确性和灵敏度。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，特别涉及一种HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法。

背景技术

非亲属供体造血干细胞的人类白细胞抗原(HLA)与患者的HLA不匹配，导致非亲属供体造血干细胞的移植存在危及生命的风险，这因此限制了造血干细胞移植在血液病治疗领域的广泛应用。研究显示，上述HLA的不匹配可能与高度多态性的主要组织相容性复合体(MHC)的遗传变异有关。随后，研究人员在这个MHC中发现了单核苷酸多态性(SNP)，SNP进一步被确定是影响造血干细胞移植后效果的决定因素。也即，患者的SNP与供体的SNP的不匹配，提高了患者接受非亲属供体造血干细胞移植后的死亡风险。而且，患者接受非亲属供体造血干细胞移植后的死亡风险随着不匹配的SNP数量的增加而提高。因此，了解HLA的SNP含量，有助于在非亲属供体造血干细胞移植前评估移植的风险；并可以根据SNP的含量，来合理选择MHC更加匹配的非亲属供体干细胞来降低术后并发症。

HLA的rs209130 SNP是人染色体chr6:28900023(GRCh38.p12)上的一个二等位多态性的SNP位点，所述位点的变异是T或C的转换(在其互补链上则为A或G)。所述rs209130SNP的基因型是TT、TC(CT)或CC。所述TT是双链rs209130 SNP的位点均为T的纯合型，所述CC是双链rs209130 SNP的位点均为C的纯合型，所述TC(CT)是一条rs209130 SNP链的位点为T，另一条rs209130 SNP链的位点为C的杂合型。

目前临床应用的检测HLA的SNP方法包括直接测序法，PCR-基因芯片法和PCR-溶解曲线法，上述三种检测方法的准确性和灵敏度较低。

上述内容仅用于辅助理解发明的技术方案，并不代表承认上述内容是现有技术。

发明内容

本发明的主要目的是提出一种HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法，旨在提高检测HLA的rs209130 SNP的准确性和灵敏度。

为实现上述目的，第一方面，本发明提出一种HLA的一个SNP检测试剂盒，包括：

引物一，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；

引物二，核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；

探针一，包括如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列一和分别连接所述核苷酸序列一5’端和3’端的荧光基团；以及

探针二，包括如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列二和分别连接所述核苷酸序列二5’端和3’端的荧光基团。

可选地，所述核苷酸序列一的5’端连接FAM荧光基团，所述核苷酸序列一的3’端连接NFQ-MGB荧光基团；所述核苷酸序列二的5’端连接VIC荧光基团，所述核苷酸序列二的3’端连接NFQ-MGB荧光基团。

第二方面，本发明还提出一种HLA的一个SNP检测方法，包括以下步骤：

(1)获得待测样品的基因组DNA；

(2)利用引物一、引物二、探针一和探针二，以所述基因组DNA为模板，进行荧光PCR扩增，并收集荧光信号；

(3)分析所述荧光信号的强度，获取HLA的一个SNP等位基因的扩增量的比值；