[发明专利]一种检测Ph样ALL融合基因的引物探针组合与试剂盒有效

专利信息
申请号: 202011373790.X 申请日: 2020-11-30
公开(公告)号: CN112481379B 公开(公告)日: 2022-09-30
发明(设计)人: 秦亚溱;陈文敏;江倩;李玲娣;龙玲玉;王旭;刘艳荣;黄晓军 申请(专利权)人: 上海源奇生物医药科技有限公司
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;C12Q1/686;C12N15/11
代理公司: 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 代理人: 魏少伟
地址: 201403 上海*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 检测 ph all 融合 基因 引物 探针 组合 试剂盒
【说明书】:

发明公开了一种检测Ph样ALL融合基因的引物探针组合与试剂盒。本发明公开的检测Ph样ALL融合基因的引物探针组合,由序列表中序列1‑42所示的42条单链DNA与TaqMan探针1‑13组成;TaqMan探针1‑13的序列依次为序列表中43‑55。本发明的检测Ph样ALL患者融合基因的引物探针组合可以用于B‑ALL患者Ph样ALL相关融合基因的快速准确的筛查,并具有覆盖全面、准确可靠、操作简便、快速、成本低廉的特点。

技术领域

本发明涉及生物医学领域中,一种检测Ph样ALL融合基因的引物探针组合与试剂盒。

背景技术

急性淋巴细胞白血病(ALL)是一种由于异常增殖和分化形成的克隆性原始淋巴细胞群体的造血系统恶性肿瘤。ALL是急性白血病的主要类型,占到儿童急性白血病的75-80%、成人急性白血病的20-25%,约80%的ALL为B细胞型(B-ALL)。依据细胞遗传学及分子特征B-ALL分为多种类型,Ph+ALL是常见类型之一,而Ph样ALL(Ph-like ALL)是近年来新定义的一种类型。

Ph+ALL中,9号和22号染色体交互异位(即t(9;22)(q34;q11))形成Ph染色体,分子水平表现为BCR-ABL1融合基因。Ph+ALL患者曾经具有非常差的预后,不过近10年来,随着小分子靶向药物——酪氨酸激酶抑制剂(TKI)的应用使得该类型患者的疗效获得极大的提高。2009年,国际上两大研究组(美国的COG和荷兰的DCOG)基于同时检测大量基因mRNA水平的基因芯片技术,分别提出了Ph样ALL(又称为BCR-ABL样ALL)的概念,它是指基因表达谱与Ph+ALL相似,但是不具有Ph染色体/BCR-ABL融合基因的B-ALL。在2016年版的国家卫生组织(WHO)髓系肿瘤及白血病分类中,Ph样ALL以临时条目形式被列出,然而到目前为止,其诊断仍然面临巨大挑战。

Ph样ALL的概念来自于基因表达谱,需要通过表达谱聚类分析确定,因而导致临床诊断实际应用困难。此外由于COG和DCOG研究组包含的基因及入组患者的不同,导致他们各自包含的核心基因有很大差异,因而同样的患者可能被COG和DCOG定义是否为Ph样ALL的结果不同。近几年随着转录组测序技术的应用,人们发现Ph样ALL主要是发生了酪氨酸激酶信号通路的异常,包括酪氨酸激酶相关的融合基因和突变两大类分子学异常形式,由于涉及的突变类型并不为Ph样ALL所特有,因而根据突变无法确诊Ph样ALL。而检测到酪氨酸激酶相关的融合基因即可诊断Ph样ALL,并且约占50%的Ph样ALL具有融合基因,因此融合基因筛查对于Ph样ALL诊断具有重要的临床意义。

到目前为止已发现,Ph样ALL涉及近10种酪氨酸激酶的数十种融合基因类型,主要包含ABL1融合基因、ABL2融合基因、JAK2融合基因、CSF1R融合基因、PDGFRB融合基因、CRLF2融合基因等,其中ABL1融合基因包括NUP214-ABL1融合基因、ETV6-ABL1融合基因、ZMIZ1-ABL1融合基因、RCSD1-ABL1融合基因,ABL2融合基因包括RCSD1-ABL2融合基因、ZC3HAV1-ABL2融合基因、PAG1-ABL2融合基因等,JAK2融合基因包括PAX5-JAK2融合基因、SSBP2-JAK2融合基因、ETV6-JAK2融合基因、ATF7IP-JAK2融合基因、BCR-JAK2融合基因、EBF1-JAK2融合基因、PCM1-JAK2融合基因等,CSF1R融合基因包括MEF2D-CSFR1融合基因、SSBP2-CSFR1融合基因等,PDGFRB融合基因包括ATF7IP-PDGFRB融合基因、EBF1-PDGFRB融合基因、ETV6-PDGFRB融合基因、SSBP2-PDGFRB融合基因等,CRLF2融合基因类型为P2RY8-CRLF2融合基因。

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