[发明专利]宁乡晒烟的DNA指纹图谱及其应用

说明书

本发明公开了烟草品种的DNA指纹图谱库，所述DNA指纹图谱库包括101个特异性SNP位点；并且本发明还提供了采用所述DNA指纹图谱库在烟草品种鉴定中的应用。本发明提供的DNA指纹图谱库以及特定烟草品种的DNA指纹图谱基于简化基因组测序得到，用于烟草品种鉴定时，与传统的外观、评吸鉴定方法相比，可以提供更加客观、更加准确、更加可靠的鉴定结果。

技术领域

本发明涉及分子生物学研究领域，具体而言，本发明涉及烟草品种的DNA指纹图谱库及其在烟草品种鉴定中的应用。

背景技术

为了依法处理烟草原料的走私和违法销售，需要对依法罚没的烟草原料进行鉴别检验。目前在烟草原料的鉴别检验工作中，烟叶状的样品基本上是通过外观、评吸等主观手段进行。

为了提升鉴别检验的准确性，已经进行了烟草DNA鉴别检验的研究。由于在DNA分子水平，不同物种间甚至是同一物种不同个体之间都能得到很好的区分，因此DNA分子技术作为物种分类鉴定的一种手段，已被广泛地应用于属间、种间、品种间的分类鉴定和亲缘关系研究中，几乎可以对所有的生物种类进行分类鉴定，在目前物种鉴定技术中发展最快，也最为热门。

目前DNA分子鉴定技术已有数十种之多，如限制性片段长度多态性标记、随机扩增多态性标记、序列特异性扩增区域标记、内含子长度多态性标记、单核苷酸多态性、简单序列重复标记等。目前用于烟草鉴定的DNA分子技术主要就是SSR标记技术和SNP标记技术。

SSR标记技术是目前应用最为广泛的DNA分子鉴定方法，但是由于SSR标记所承载的遗传信息有限，以SSR标记来进行鉴定，为了保障鉴定结果的可靠性，往往需要设计多达十几到二十多对的引物，引物的设计开发比较复杂，并需要大量的验证试验，这就造成前期引物设计周期长，实验验证工作量大，后期鉴定时操作比较繁琐，鉴定通量低，并且在稍复杂的鉴定中，还是需要测序来验证检验结果的准确性。SNP标记技术包括质谱法、芯片法等，质谱法所采用的质谱设备昂贵且检测通量低，芯片法成本较高，且需要进行基因芯片的定制，实验操作比较复杂。

受益于当前测序技术的进步和成本的大幅度降低，以测序法进行烟草DNA鉴定成为可能。测序法主要包括简化基因组测序法和全基因组重测序法，这两种方法都能够比较全面的获取被检样品的遗传信息，区别在于简化基因组测序所需要的位点数较少，覆盖基因组的5％-10％即可，而全基因组重测序则需要获得整个基因组的遗传变异信息，需要的数据量大，成本高，结合烟草DNA鉴定的实际情况，简化基因组测序已经完全可以满足鉴定要求。

开发烟草品种的新型DNA鉴定方法对于提升相关品种鉴定的准确性、对于推动烟草DNA鉴别检验工作的发展具有积极的意义。

发明内容

针对上述技术问题，本发明的目的是提供一种可用于鉴定烟草品种的DNA指纹图谱库，所述DNA指纹图谱库包括品种特异性的SNP位点。此外，中国烟草的两大类型为晾晒烟和烤烟，前者以宁乡晒烟为典型品种，后者以中烟103和云烟87为典型品种。在实际鉴定工作中这几类烟草的鉴定需求大，鉴定难度高，因此本发明的目的还在于提供这些特定烟草品种的DNA指纹图谱。

本发明的技术方案如下。

一方面，本发明提供一种烟草品种的DNA指纹图谱库，所述DNA指纹图谱库包括如下101个特异性SNP位点：

另一方面，本发明还提供所述指纹图谱库的建立方法，包括以下步骤：

(1)收集烟草品种种质共131个，见表1，取新鲜烟叶分别提取基因组DNA，然后以限制性内切酶SacI和MseI分别对基因组DNA进行酶切；