[发明专利]与节瓜全雌性状紧密连锁的Indel分子标记gyIndel3及其应用

说明书

本发明公开了一种与节瓜全雌性状紧密连锁的Indel分子标记gyIndel3、引物及其在节瓜全雌性育种方面的应用。本发明中的Indel标记变异稳定，检测简易清晰，无需酶切，成本较低，有助于全雌性状的选育效率，加速了节瓜雌性系的选育过程；本发明的标记与节瓜全雌性状紧密连锁，为全雌基因的克隆和分子机理研究奠定了基础，加快了节瓜雌性系的分子辅助育种进程。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及与节瓜全雌性状紧密连锁的Indel 分子标记gyIndel3及其应用。

背景技术

节瓜(Benincasa hispida Cogn.var.Chieh-qua How)又名毛瓜、毛节瓜，是葫芦科冬瓜属冬瓜种的变种，肉质柔滑，味微甜清香、甘爽，富含维生素、丙醇二酸等营养成分，是华南地区出口的主要蔬菜作物(He et al.,2007)。

节瓜性型表现丰富，有全雌株、强雌株、雌雄同株等多种类型，雌花出现早、节位低、数量多、分布均，是节瓜早熟、高产、稳产的基础(Robinson, 2000；He et al.,2007)。目前节瓜在生产上大多利用全雌性或强雌性进行优势育种。但由于性别表现复杂，节瓜遗传基础较为狭窄，国内外鲜有报道节瓜性别决定的遗传研究。即使利用同源克隆方法分离节瓜全雌基因，但因遗传规律不清晰和不同材料间的背景差异，导致研究结果无法运用到实际育种中。因此，对节瓜全雌性进行遗传研究有助于提高雌性系的选育效率，加快分子育种进程。

研究者已经从甜瓜和黄瓜中分离出控制植株全雌性的隐性基因WIP1 (Martin etal.,2009；Boualem et al.,2015)，开发出实用性的分子标记，且已阐明全雌性的分子调控机理。但是，关于节瓜性型的研究主要集中在生理学研究和初步遗传规律方面，分子机理研究方面鲜有报道。另外，由于节瓜的遗传基础较为狭窄，性别决定相关基因尚未克隆，尚未获得与其紧密连锁的Indel分子标记，极大限制了节瓜性别决定的遗传研究进展。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种与节瓜全雌性状紧密连锁的Indel分子标记gyIndel3及用于扩增该分子标记gyIndel3的引物。

本发明的另一个目的在于提供上述分子标记gyIndel3在节瓜全雌性育种方面的应用。

本发明的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：与节瓜全雌性状紧密连锁的Indel分子标记gyIndel3，该分子标记gyIndel3的序列如SEQ ID NO.1所示。

该标记gyIndel3位于节瓜第8号染色体上，大小为191bp。

该标记与节瓜全雌性性状密切相关，可为后续全雌基因的克隆与分子机制研究，以及节瓜雌性材料的创制提供基础，显著提高雌性系的定向选择效率。

本发明还提供了用于PCR扩增上述Indel分子标记gyIndel3的引物，所述引物包括正向引物gyIndel3-F和反向引物gyIndel3-R，其中正向引物gyIndel3-F 的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物gyIndel3-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。

具体的：

正向引物(gyIndel3-F)为5’-TGGCAATTGTAGTGCCAATATATG-3’；

反向引物(gyIndel3-R)为5’-GCTAAGCTTGTCAGCGATAGA-3’。

获得上述Indel分子标记的过程如下：

(1)以全雌性节瓜A36为母本，弱雌节瓜SX为父本，构建F1、F2群体；

(2)采用改良的CTAB方法对节瓜亲本、F1和F2群体进行DNA提取；