[发明专利]一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合

说明书

本发明涉及家禽遗传资源、生物技术领域，具体涉及一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。本发明筛选得到一组鹿苑鸡特异性遗传位点，包括SNPs位点和INDELs位点。本发明所述特异性遗传位点分布在不同染色体上，以此作为鉴定位点，提高了检测试验的准确性和柔韧性。其次，本发明首次筛选得到了可有效用于鹿苑鸡种鉴定的INDELs位点。本发明筛选所得遗传性特异位点对鹿苑鸡的鉴定率均在80％及以上。本发明所述鉴定方法可更有效地实现对鹿苑鸡的鉴定，实用强，所述方法、引物组合及试剂盒可广泛推广应用，对鹿苑鸡种的鉴定和保护具有重要的意义。

技术领域

本发明涉及家禽遗传资源、生物技术领域，具体涉及一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。

背景技术

“叫化鸡”驰名中外，其正宗的做法是选用鹿苑鸡作为食材。鹿苑鸡，又名鹿苑大鸡，属兼用型鸡种，因产于江苏省沙洲县鹿苑镇而得名。近年来，在各界努力下，鹿苑鸡品牌已经小有影响。然而，由于养殖技术门槛低，以其它地方鸡种或杂交的鹿苑鸡冒充纯种鹿苑鸡时有发生，严重影响了鹿苑鸡品牌形象。因此提供一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法是亟需的。

中国发明专利CN1055950733B公开了一种鹿苑鸡种的鉴定方法，该方法采用鹿苑鸡Z 染色体上一组特异性SNPs位点，且不同位点间的物理位置较为接近，这在一定程度上会影响鉴定结果的准确。

基于此，鹿苑鸡的鉴定需要一种更为准确、实用的方法。

发明内容

本发明主要目的是提供一种有效鉴定鹿苑鸡种的方法及引物组合。本发明在筛选得到一组鹿苑鸡特异性遗传位点的基础上，进一步对所得遗传位点进行优化筛选，筛选对鹿苑鸡鉴定率均在80％及以上的特异性位点。利用本发明筛选得到的特异性遗位点进行组合鉴定，准确性更高，所得结果更加可靠。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明目的之一，用于鉴定鹿苑鸡的特异性遗传位点，其包括以下特异性遗传位点：

鹿苑_tag1位于鸡1号染色体，物理位置157669776处，基因MZT1与基因LOC112532749 之间，鹿苑鸡基因型为TT；

鹿苑_tag2位于鸡2号染色体，物理位置148438251处，基因RHPN1第1内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag3位于鸡3号染色体，物理位置27832013处，基因LOC421419第1内含子，鹿苑鸡基因型为TGTAGA//TGTAGA，突变基因型型为缺失TGTAGA片段；

鹿苑_tag4位于鸡3号染色体，物理位置38286930处，基因RBM34第10内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag5位于鸡4号染色体，物理位置2867220处，基因LRCH2第1内含子，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag6位于鸡4号染色体，物理位置17182490处，基因IL1RAPL2UTR3区域，鹿苑鸡基因型为--突变型为TT；

鹿苑_tag7位于鸡7号染色体，物理位置29865600处，基因NCKAP5第2内含子，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag8位于鸡8号染色体，物理位置14648688处，基因KIAA1107BTBD8第7 内含子，鹿苑鸡基因型为AA；

鹿苑_tag9位于鸡11号染色体，物理位置3905844处，基因IRX6与基因IRX5之间，鹿苑鸡基因型为CC；

鹿苑_tag10位于鸡11号染色体，物理位置6583300处，基因ADCY7以及lncRNAUTR5区域，鹿苑鸡基因型为GG；

鹿苑_tag11位于鸡33号染色体，物理位置4702539处，基因LRP1第2内含子，鹿苑鸡基因型为AA；