[发明专利]一种鉴定徐海鸡种的方法及试剂盒

说明书

本发明涉及家禽遗传育种、生物技术领域，具体涉及一种鉴定徐海鸡种的鉴定方法及试剂盒。本发明在筛选得到徐海鸡特异性遗传位点的基础上，进一步对所得遗传位点进行优化筛选，筛选所得XH_tag1‑XH_tag16所述遗传特异性位点用于徐海鸡鉴定准确率均在85％以上，为今后徐海鸡的品种资源保护与鉴定、食品溯源提供支撑。

技术领域

本发明涉及家禽遗传育种、生物技术领域，具体涉及一种鉴定徐海鸡种的鉴定方法及试剂盒。

背景技术

徐海鸡是江苏北部地区著名的肉蛋兼用型地方品种，中心产区在徐州至海州(属连云港市)一带，淮安、临沂、枣庄、日照、济宁等地也有分布。徐海鸡饲养历史悠久，长期选择造就了既能适应当地养殖环境又能满足消费需求的宝贵鸡种遗传资源。该鸡特有的外貌特征主要体现在：1)从胫部至趾部长有羽毛，故徐海鸡也称“毛脚鸡”；2)跗关节如同秃鹫一样附有长长的向下的羽毛；3)成年母鸡长距。近年来，随着高产商品化品种的冲击及地方鸡种资源保护意识的缺乏，徐海鸡已濒临灭绝。江苏省家禽研究所自2010年开始收集整理徐海鸡遗传资源，徐海鸡生产性能得以提高，并于2016年开始将徐海鸡逐批返回原产地饲养。为更好的了解和保护这一宝贵的品种资源，防止养殖户使用徐海鸡乱交乱配，以及品种、知识产权认定问题，提供一种徐海鸡品种有效鉴定方法是亟需的。

随着牛、绵羊、猪和鸡基因组数据的公开，SNPs标记为家养动物遗传多样性研究提供更多信息，推动品种特异性遗传标记研究成为当前畜禽遗传资源研究的靓点和热点。品种特异性遗传标记不仅用于区分和提纯品种，还用于鉴别个体、食品溯源。多种方法用于筛选品种特异性遗传标记，其中较为常见的包括DELTA、对比群体固定系数、分配信息、特征选择(FIFS)以及最小等位基因频率-连锁不平衡(MAF-LD)。简化基因组测序被认为是过去十年来一项重要的科学突破，其原理是利用限制性内切酶对基因组进行有限酶切，然后高通量测序。不同国家多个团队应用简化基因组技术进行畜禽遗传多样性研究。

随着研究的不断进行，发明人发现地方鸡种的特异性位点可能有多个，而在实际测序判断中，并不是所有的特异性位点都能有效地将所述家禽品种与其它品种区分开。主要原因可能在于特异性标记在不同群体的分布频率不同，不同位点所在基因片段准确复制的难易程度不同，或者用于扩增的引物的特异性不同。因而，需要优化特异性位点组合、筛选特异性较高的引物。

基于此，提供一种更为准确的徐海鸡种的鉴定方法，是目前所需的。

发明内容

本发明主要目的是提供一种鉴定徐海鸡种的方法及试剂盒。本发明在筛选得到徐海鸡特异性遗传位点的基础上，进一步对所得遗传位点进行优化筛选，筛选所得遗传位点用于徐海鸡鉴定准确率均在85％以上。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明目的之一，提供一种鉴定徐海鸡种的方法，利用以下任意一个或几个特异性遗传位点进行鉴定：

XH_tag1位于1号染色体2096845处，EXOC4基因第14内含子，徐海鸡基因型为--(突变基因型为AGA//AGA)；

XH_tag2位于1号染色体37685187处，TRHDE基因与KCNC2基因之间，徐海鸡基因型为AA；

XH_tag3位于1号染色体109648385处，DSCAM基因第3内含子，徐海鸡基因型为TT；

XH_tag4位于2号染色体62783242处，HIVEP1基因第3内含子，徐海鸡基因型为AA；

XH_tag5位于2号染色体103201782处，LAMA3基因第43内含子，徐海鸡基因型为CC；

XH_tag6位于2号染色体107529257处，DTNA基因第24内含子，徐海鸡基因型为TT；

XH_tag7位于3号染色体9906477处，EHBP1第11内含子，徐海鸡基因型为TT；