[发明专利]一种用于溧阳鸡种鉴定的特异性遗传位点、引物组合及方法

说明书

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于溧阳鸡种鉴定的特异性位点、引物组合及方法。本发明首次提供了可用以溧阳鸡品种鉴定的特异性遗传位点，所述特异性遗传位点包括SNPs位点和INDELs位点；本发明提供的遗传位点为经过进一步优化得到，特异性高，每个位点溧阳鸡的鉴定率均在85％以上，因此，以本发明提供的特异性遗传位点及其组合进行溧阳鸡的鉴定，准确性更高。本发明为今后溧阳鸡品种资源保护与鉴定、食品溯源提供支撑。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于溧阳鸡种鉴定的特异性位点、引物组合及方法。

背景技术

溧阳鸡，也称“九斤黄”、“九斤王”，属肉用型地方品种。中心产区是在溧阳市的西南丘陵山区，当地百姓素有腌制咸鸡作为节日或婚丧嫁娶时食用的风俗，长期以来劳动人民爱养大鸡,选留大鸡作种用,逐渐培育形成肉用型溧阳鸡品种。溧阳鸡是江苏溧阳市农产品地理标志产品，2006年被列为国家级畜禽遗传资源保护名录。然而，在养殖推广溧阳鸡的过程中，由于技术门槛和养殖成本较低，一些养殖户将溧阳鸡与外来商品肉鸡或地方鸡种随意交配，以杂交后代冒充溧阳鸡在市场销售，严重影响溧阳鸡品牌。因此，提供一种能够有效准确鉴定溧阳鸡鸡品种的产品及方法是非常有必要的。

发明内容

本发明主要目的是提供一种用于溧阳鸡种鉴定的特异性遗传位点、引物组合及方法，为溧阳鸡品种的鉴定和保护提高技术支持。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明提供一种溧阳鸡特异性遗传位点，其包括以下特异性遗传位点：

LY_tag1位于鸡1号染色体45290327处，基因TMCC3第1内含子，溧阳鸡基因型为CC；

LY_tag2位于鸡1号染色体181303899处，基因C1H11ORF87与基因DDX10之间，溧阳鸡基因型为CC；

LY_tag3位于鸡2号染色体19702986处，基因HACD1与基因ST8SIA6之间，溧阳鸡基因型为GG；

LY_tag4位于鸡2号染色体117156238处，基因EYA1与基因MSC之间，溧阳鸡基因型为GG；

LY_tag5位于鸡3号染色体67153849处，基因ARMC2第1内含子，溧阳鸡基因型为CC；

LY_tag6位于鸡4号染色体53516615处，基因SPATA5第9内含子，溧阳鸡基因型为TT；

LY_tag7位于鸡5号染色体12426305处，基因KCNC1第1内含子，溧阳鸡基因型为TT；

LY_tag8位于鸡5号染色体39195147处，基因LRRC74A与基因C5H14orf4之间，溧阳鸡基因型为TT；

LY_tag9位于鸡9号染色体19078417处，基因NLGN1第5内含子，溧阳鸡基因型为TT；

LY_tag10位于鸡14号染色体4982118处，基因USP51第1内含子，溧阳鸡基因型为AA；

LY_tag11位于鸡28号染色体2930750处，基因CFD和MED16的下游区域，溧阳鸡基因型为TT；

LY_tag12位于鸡33号染色体4702539处，基因LRP1第1内含子，溧阳鸡基因型为GG；

LY_tag13位于鸡4号染色体2526473处，基因DLG3第17内含子，溧阳鸡基因型为CCTGCAGA//CCTGCAGA，突变型为缺失CCTGCAGA片段；

LY_tag14位于鸡11号染色体16422745处，基因MLYCD与基因LOC112533251之间，溧阳鸡基因型为--(突变基因型为TT)；