[发明专利]用于检测微卫星不稳定性状态的方法及系统

权利要求书

1.用于检测微卫星不稳定性状态的系统，其特征在于：包括用于对肿瘤样本的微卫星不稳定状态进行信息分析的MSI模型，所述MSI模型包括MSI模型准备模块，用于判别样本微卫星不稳定性状态的高灵敏度位点；数据质控模块，用于对靶向捕获数据进行质控，进行微卫星不稳定性检测；MSI状态检测模块，用于扫描样本比对结果中所有有效位点，对该样本的微卫星位点状态进行预测，根据MSIscore来判别样本的MSI状态；

高灵敏度位点如下表所示：

2.使用权利要求1所述的用于检测微卫星不稳定性状态的系统来检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于包括以下步骤：

步骤一、对肿瘤患者的癌变组织样本进行DNA提取，之后进行DNA片段化处理，末端修复加poly-A尾，进行接头连接；

步骤二、将接头的DNA纯化后，加入PCR反应混合液进行扩增，将扩增产物纯化后，进行杂交、捕获、PCR扩增、纯化得到测序文库；

步骤三、通过二代上机测序得到肿瘤组织样本靶向捕获测序数据，根据MSI模型进行微卫星不稳定状态检测相关的信息分析，不用于癌症诊断和治疗；

将测序文库在高通量测序仪Illumina上完成测序得到测序数据，通过MSI模型对肿瘤样本的微卫星不稳定状态进行信息分析，所述MSI模型包括MSI模型准备模块、数据质控模块和MSI状态检测模块；

所述MSI模型准备模块的工作过程为：通过扫描人类参考基因组，获取基因组序列上所有的微卫星位点的位置和侧翼序列；对于上述获取的微卫星位点，利用2000个全外显子肿瘤-正常成对的测序样本数据比对到参考基因组上，来获取全基因组上所有微卫星位点列表；过滤位点并采用机器学习方法进行训练，共得到121个高灵敏度微卫星位点，同时这121个微卫星位点能够被测序的试剂盒覆盖。

3.根据权利要求2所述的检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于所述步骤一中DNA末端修复加poly-A尾方法具体为：将体积比为(5-8):(10-20):100的“A”酶混合物、“A”缓冲液和片段化处理的DNA涡旋混匀后离心，放置在热循环仪上，反应程序如下：20℃30min，65℃，30min，4℃，保持。

4.根据权利要求2所述的检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于所述步骤一中接头连接具体为：将体积比为(3-5):(25-30):(3-8):100的UMI标签的接头、连接缓冲液、连接酶和末端修复的DNA涡旋混匀后离心，放置于热循环仪上，反应程序如下：20℃30min，4℃，保持。

5.根据权利要求2所述的检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于所述步骤二中文库扩增具体为：将体积比为1：(2-5)：(4-7)的扩增引物、接头的DNA和2X PCR混合液，涡旋混匀后离心，放置于热循环仪上，反应程序如下：98℃45s，循环1次；98℃15s，60℃30s，72℃30s，循环8次；72℃30s，循环1次；4℃1min，循环1次。

6.根据权利要求2所述的检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于所述步骤二中纯化具体为：将DNA样本加入质量分数为80％wt的乙醇纯化后的磁珠，充分混合均匀后，室温静置5min后，置于磁力架静置2min，待磁珠全部吸附至侧壁，移除清液后，缓慢加入质量分数为80％wt的乙醇，静置30-60s，移除清液，干燥磁珠直到磁珠状态为表面不反光，然后用TE缓冲液重悬磁珠，充分混匀，室温静置1min，置于磁力架静置2min，待磁珠完全吸附至侧壁，将上清液移出待用。

7.根据权利要求2所述的检测微卫星不稳定性状态的方法，其特征在于所述步骤二中杂交具体为：将500ngDNA扩增产物中加入5μL快速封闭试剂和2μL P5、P7封闭试剂，使用浓缩仪将扩增产物浓缩到干粉状态，然后加入体积比为(80-90)：(25-30)：(15-20)的杂交缓冲液、杂交增强剂和无核酶水，室温静置10min，充分震荡混匀后放置在热循环仪上，反应程序如下：95℃10min，65℃，保持。