[发明专利]一个鉴定陆地棉衣分的SNP分子标记

说明书

本发明公开了一个鉴定陆地棉衣分的SNP分子标记，所述分子标记位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第501位置处，该处碱基为T或C。检测待鉴定陆地棉基因组DNA中SNP位点的基因型，如果基因型为TT，则该陆地棉具有高衣分性状；如果基因型为CC，则该陆地棉具有低衣分性状。本发明的SNP分子标记可用于新品种选育，有助于打破遗传连锁、提高育种效率。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种鉴定陆地棉衣分的SNP分子标记。

背景技术

棉花是世界上最重要的天然纤维作物，保证棉纤维产量对世界纺织业的稳定发展及人民生活有重要意义。因此，育种家在多年的育种实践中，始终将高产作为育种目标孜孜以求。研究发现，产量是复杂的数量性状，基因型和环境条件对产量的形成均有重要影响。衣分(lint percentage,LP)是棉花产量的重要构成因子，特别是对提高皮棉产量有重要价值，生产上更加偏爱高衣分品种。然而，衣分的提高是一个十分艰难的过程，特别是在传统育种技术费时费力、亲本材料遗传同质化严重的情况下。龚举武等(2019)研究认为，衣分主要为2点主基因+多基因遗传模型，而不同环境条线下存在较大差异，因此，需要经过多环境鉴定才能提高选育效率、增加皮棉产量(龚举武等，陆地棉衣分性状的主基因-多基因遗传分析，棉花学报，2019，31(3)：192-200)。Wang et al.(2015)和Su et al.(2016)等研究发现，衣分的广义遗传力超过60％，具有较强的遗传控制(Wang et al.QTL mapping forfiber and yield traits in upland cotton under multiple environments,PloS ONE,2015,10(6):e0130742；Su et al.Detection of favorable QTL alleles and candidategenes for lint percentage by GWAS in Chinese upland cotton,Frontiers in PlantScience,2016,7:1576)。因此，通过分子标记辅助筛选技术，可以直接在后代筛选高衣分材料，提高育种效率。

数量性状基因座定位(quantitative trait loci mapping,QTLmapping)是进行数量性状遗传基础分析、挖掘候选基因的重要方法；单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP)是植物基因组内数量最多、分布最广的分子标记，在构建高密度遗传图谱、精细定位基因等方面具有较大的应用价值；将SNP用于QTL定位，通过构建高密度遗传图谱，能够显著提高定位的准确性。基于定位结果，筛选有效的分子标记，进而用于新品种选育，有助于打破遗传连锁、提高育种效率。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：如何提供一个与陆地棉衣分性状相关的SNP分子标记。

本发明的技术方案为：一个鉴定陆地棉衣分的SNP分子标记，所述分子标记位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第501位置处，该处碱基为T或C，导致衣分出现多态性。

该SNP分子标记可应用在棉花衣分性状选育上。比如棉花种质资源衣分的早期预测或筛选，棉花衣分标记辅助选择等。

鉴定陆地棉衣分性状的方法，检测待鉴定陆地棉基因组DNA中SNP位点的基因型，如果基因型为TT，则该陆地棉具有高衣分性状；如果基因型为CC，则该陆地棉具有低衣分性状。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

本发明的SNP分子标记可用于新品种选育，有助于打破遗传连锁、提高育种效率。

附图说明

图1为构建的高密度遗传图谱；

图2为不同基因型亚群之间衣分的差异比较。

具体实施方式