[发明专利]一种水稻粒型相关基因GLW2的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种水稻粒型相关基因GLW2的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记为K_020501，K_020501的多态性为G或T。利用所述分子标记，可快速、精准的检测水稻粒型相关基因GLW2。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少气溶胶的污染以及EB等有毒物的使用，有利于GLW2基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。

技术领域

本发明涉及水稻育种领域，具体涉及一种水稻粒型相关基因GLW2的SNP(单核苷酸多态性)分子标记及其应用。

背景技术

水稻是我国重要的粮食作物，其产量高低涉及粮食安全。近年来，随着全球人口的激增,耕地面积的逐年减少，土地流转与非粮化趋势加剧，粮食短缺仍旧是困扰许多国家的重大问题。因此，开展水稻遗传育种研究一直成为国家的重中之重，保持粮食的稳产及高产成为农作物品种选育的首要目标并亟需解决。

水稻产量构成要素主要包含有效穗数、穗粒数、粒重、结实率等，其中粒重主要是受粒型和灌浆影响。水稻的产量性状是由多基因决定的复杂性状，主要受单株有效穗数、每穗有效粒数和千粒重3个因素共同调控，千粒重遗传力最高，主要由灌浆程度和粒型控制，粒型性状又由粒长、粒宽和粒厚共同构成，通过分子标记对水稻粒型相关基因进行选择可以在水稻苗期即对粒重进行选择，可以大大提高育种效率。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种水稻粒型相关基因GLW2的SNP分子标记。

本发明还提出用于检测上述SNP分子标记K_020501的引物组。

本发明还提出上述SNP分子标记的检测方法。

本发明还提出上述SNP分子标记的应用。

根据本发明的第一方面实施方式的SNP分子标记，所述SNP分子标记为K_020501，其中K_020501的多态性为G或T。

根据本发明的一些实施方式，所述SNP分子标记K_020501的多态性位点位于chr2.28865722(MSU7.0 position)。

根据本发明第二方面实施方式的用于检测上述SNP分子标记K_020501的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，特异性引物序列包括Primer Seq Allele X和Primer Seq Allele Y，所述Primer Seq Allele X的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述Primer Seq Allele Y的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述通用引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

根据本发明的一些实施方式，优选地，所述Primer Seq Allele X的5’端连接FAM或HEX荧光序列，Primer Seq Allele Y的5’端分别连接FAM和HEX荧光序列。

根据本发明的一些实施方式，所述引物组在水稻育种中的应用。

根据本发明的第三方面实施方式的上述SNP分子标记的检测方法，所述检测方法包括以下步骤：

S1、从水稻叶片中提取基因组DNA；

S2、以步骤S1中提取的基因组DNA为模板，利用SNP分子标记K_020501的引物，对K_020501分子标记进行检测；

S3、若K_020501的SNP位点碱基为G，判定测试的水稻样品含有纯合的GLW2基因；若检测位点碱基为T，判定测试的水稻样品含有纯合的GLW2基因；若检测位点同时检测到G、T，判断待测水稻含有杂合的GLW2基因。

根据本发明的一些实施方式，优选地，步骤S1中，水稻叶片中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。