[发明专利]一种检测抗稻瘟病基因Pi25的KASP分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种检测抗稻瘟病基因Pi25的KASP分子标记及其应用，属于农业生物技术领域。本发明根据Pi25基因编码区的775bp和2687bp处目的基因关键特异性位点设计两对引物Pi25‑K775和Pi25‑K2680/2687，以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增，然后对扩增产物进行信号扫描分析，目的基因进行基因分型。本发明利用基于KASP反应原理及抗感材料Pi25基因编码区内的单碱基差异设计的KASP标记能高通量的对水稻材料进行Pi25基因检测，两对KASP分子标记能相互验证，避免实验过程中的误差，达到更高的准确率。具有简便、可靠、快速、特异性强、灵敏度高、环境友好的显著优点，适用于Pi25基因的鉴定分型和抗水稻稻瘟病品种的辅助选择育种。

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，尤其涉及一种检测抗稻瘟病基因Pi25的KASP分子标记及其应用。

背景技术

稻瘟病是目前水稻生产上最具毁灭性的真菌性病害之一，在世界种植水稻的各稻区均有分布并持续发生，严重影响水稻产量，给粮食的安全带来了极大的隐患。实践表明，培育和推广抗稻瘟病品种是防治稻瘟病最为经济、有效、安全和环保的措施。

传统的水稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期，亦可进行有目的的多基因聚合，提高育种效率。目前文献报道中主要利用的标记类型为CAPS标记(王慧梅等，作物学报，38(11):1960-1968)，连锁标记(RM3330，SA7和Si1370C)(朱玉君等，福建稻麦科技，2010，28(01)：1-3)，特异性显性标记(专利号：200910152617.4)，和特异性共显性标记(申请号：201610014679.9)。在实践应用中，CAPS标记需要酶切，过程繁琐；连锁标记存在多态率较低，差异较小的缺点，特异性标记限制条件较多，扩增不稳定，以上标记在检测过程中使用的EB或聚炳烯酰胺易对环境造成污染、对人体产生危害。

竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific PCR KASP)分子标记是一种基于SNP的新型基因分型技术。KASP技术具有稳定性好和准确性高、高通量，检测成本较低等优点，近年来得到快速的发展(He et al，Methods Mol Biol，2014，1145，75-86)。Pi25基因源自籼稻品种谷梅2号，是克隆的24个稻瘟病抗性基因之一，对稻瘟病具有广谱抗性，对于培育具有抗稻瘟病水稻品种具有很大的利用价值(Chen et al，J GenetGenomics,38:209-216)。开发与抗稻瘟病基因Pi25共分离的特异性分子标记及建立高效、环境友好的相关检测体系，则对促进Pi25基因在抗稻瘟病育种中的应用具有重要意义。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种检测抗稻瘟病基因Pi25的KASP分子标记，具有简便、可靠、快速、特异性强、灵敏度高、环境友好的显著优点，而且本发明的两对KASP分子标记能相互验证，避免实验过程中的误差，达到更高的准确率，可应用于筛选、鉴定或培育抗水稻稻瘟病品种中。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种检测抗稻瘟病基因Pi25的KASP分子标记，包括SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2两段核苷酸序列。

本发明还提供了一种扩增上述分子标记的引物组，包括Pi25-K775引物组和Pi25-K2680/2687引物组；

所述Pi25-K775引物组为：

Pi25-K775-F1：5’-AATGATCGGAAGAAAGACTTCCCAG-3’、

Pi25-K775-F2：5’-AATGATCGGAAGAAAGACTTCCCAA-3’、