[发明专利]基于淬灭探针的血清淀粉样蛋白A1基因型的检测方法和试剂盒在审
申请号: | 202011495980.9 | 申请日: | 2020-12-17 |
公开(公告)号: | CN112410419A | 公开(公告)日: | 2021-02-26 |
发明(设计)人: | 张杰;施长根;张艳;张海涛 | 申请(专利权)人: | 德赛诊断系统(上海)有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6883 | 分类号: | C12Q1/6883;C12Q1/6886;C12Q1/6848;C12N15/11 |
代理公司: | 上海德禾翰通律师事务所 31319 | 代理人: | 夏思秋 |
地址: | 201318 上海*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 探针 血清 淀粉 蛋白 a1 基因型 检测 方法 试剂盒 | ||
本发明公开了一种淬灭探针,及其在SAA1基因检测中的应用;本发明还公开了一种用于SAA1基因的SNP位点检测的方法从而确定基因型的试剂盒;具体而言是利用巢式PCR技术和多通道淬灭探针技术,对SAA1基因型相关的2个基因多态性位点在一次反应中完成检测的方法及相应的试剂盒。本发明通过联合特异的SAA1巢式PCR和针对SNP的QP来检测SAA1基因型,为研究和未来的临床应用提供有力的工具。
技术领域
本发明属于基因技术领域,涉及一种基于淬灭探针(Quenching probe,QP)的血清淀粉样蛋白A1(Serum amyloidA 1,SAA1)基因型的检测方法,包括应用于临床的试剂盒。
背景技术
人类血清淀粉样蛋白A1(Serum Amyloid A1,SAA1)是一种由104个氨基酸组成的急性期反应蛋白。其在天然状态时的分子量大约为12-14kDa,其编码基因位于人类第11号染色体。早期的研究认为SAA1是一种急性炎症蛋白,因为在急性炎症中,SAA1在血中的浓度可升高100-1000倍。此外,SAA1在生理状态下可与高密度脂蛋白(HDL)结合,在炎症期间通过调节高密度脂蛋白代谢而使其水平升高。但是,近年来大量研究表明:SAA1已经不仅是传统意义上的急性期炎症蛋白,而是作为天然固有免疫的调理素,SAA1可与IL-6、TNF-a等炎症性细胞因子相互作用,参与调节机体的固有免疫和获得性免疫。如已经发现SAA1在糖尿病、冠心病、类风湿性关节炎(RA)等慢性炎症疾病和自身免疫病的发生、发展中扮演了重要的角色。
基因多态性(Polymorphism)是指在一个生物群体中,同时存在两种或多种不连续的变异型或基因型或等位基因,亦称遗传多态性(Genetic Polymorphism)或基因多态性。基因单核苷酸多态性(Single Nuclear Polymorphism,SNP)是指基因序列内的单个碱基的不同,包括单个碱基的缺失,插入和置换。人类基因多态性与疾病发生和诊断与治疗有密切的关系,多态性的变化不仅在阐明机体对疾病、药物的易感性与耐受性、疾病临床表现的多样性,以及对药物治疗的反应性和预测转归上都起着重要的作用。通过基因多态性的研究,可从基因水平揭示个体间生物活性物质的功能及效应存在着差异的本质。因此,基因多态性研究已经成为临床医学及预防医学研究的新领域。
目前由于SAA1第3外显子两处SNP位点(rs1136743和rs1136747),形成了三种SAA1等位基因α、β和γ,组成了α+/+,β+/+,γ+/+,αβ,αγ和βγ共6种基因型。已有研究表明不同的SAA1基因型在人群中所占的比例存在差异性。例如,Yamada等对321名日本人SAA1基因型的研究发现,SAA1α、SAA1β和SAA1γ这3个等位基因在日本人中的分布频率分别为0.310,0.347,0.330。Ishii等发现,在127例RA患者中,发生淀粉样变者最常见的基因型是SAA1γ+/+,淀粉样沉积物的出现也和SAA1γ的基因频率高度相关。而在高加索人中,淀粉样变与SAA1α等位基因的频率呈正相关。有报道称地中海出血热的患者中,SAA1α+/+型的发病率是其他类型的7倍。Lung等发现SAA1基因型与NPC(nasopharyngeal carcinoma,鼻咽癌)风险较高显著相关,NPC患者的β+/+基因型频率比健康个体高2倍。
目前SAA1基因型研究普遍使用的是限制性内切酶片段长度检测(RFLP),聚合酶链式反应直接测序法(PCR direct sequencing)和等位基因特异PCR(allele-specific PCR)等。但多数方法步骤较为繁琐、复杂,不易进行大规模SNP分析。并且由于SAA1和SAA2基因的高度同源性,在检测SAA1的基因型的同时如何有效的排除SAA2的干扰,也是SAA1基因型检测面临的考验。因此,开发一种简便、可靠的SAA1基因型检测方法,对于SAA1基因型相关疾病的诊断和风险分析具有重要的临床意义。
发明内容
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