[发明专利]一种利用猪TLR6基因ERV插入多态提高仔猪天然免疫力的分子标记及其育种方法

说明书

本发明提供一种利用猪TLR6基因ERV插入多态提高仔猪天然免疫力的分子标记及其育种方法，涉及分子遗传学领域。192bp的ERV插入后TLR6基因的启动子活性显著升高，且天然免疫相关的TLR信号通路中的TLR6、TLR1、下游的MyD88，Rac1，TOLLip，TIRAP及细胞因子IL‑6，IL‑8和TNFα基因在30日龄仔猪重要免疫器官中的表达及血液中IL‑6和TNFα因子水平升高。可见通过检测猪TLR6基因的192bpERV插入多态可以作为提高仔猪天然免疫力的分子标记，不仅方法简便快速，而且不受环境影响，可实现早期选种选配。

技术领域

本发明涉及猪的分子标记辅助选择领域，具体涉及了一种提高猪天然免疫力的育种方法，通过判断猪TLR6基因5’端ERV插入多态性来进行选种，实现高抗性猪的选育。

背景技术

我国作为生猪养殖和消费大国，消费量占世界总量约50％。但随着集约化养猪规模的不断扩大，猪病频发造成猪群生产性能下降，猪只特别是早期猪的死亡，已成为制约中国养猪业发展的重要瓶颈。疫苗接种和抗生素的使用在一定程度上可以降低猪群的发病率、控制疫病的传播、维持猪群健康，但是大量使用抗生素等药物不仅增加养殖成本和造成药物残留，而且容易产生病原微生物的耐药性。因此，从遗传学角度开展抗病育种，提高猪特别是仔猪免疫力和成活率，是当前生猪育种的研究重点。

动物的免疫力和抗病力间有着密不可分的联系，可以通过增强机体的天然免疫力来间接提高机体的抗病能力。1997年Janeway等研究者在人细胞表面发现了TOLL样蛋白，并指出它对机体免疫特别是感染免疫具有重要作用。在哺乳动物中，TLRs属于I型跨膜蛋白受体，广泛分布与免疫相关的器官和组织中，在先天免疫活化的防御机制中发挥着重要作用。相关研究表明，TLRs基因突变或变异会改变机体免疫能力、影响机体对病原的抗性和易感性，因此TLRs突变可能与猪免疫相关疾病的发生存在一定的关系。但以往TLRs基因突变大都集中于SNP的研究。

ERV是逆转录转座子的其中一类。由几百万年前古老的逆转录病毒感染并嵌入宿主的生殖细胞基因中，后来通过符合孟德尔定律的遗传方式存留下来并稳定存在于宿主基因组中的一类逆转录元件。ERV插入多态在高等植物中被广泛应用于分子标记技术、插入型突变及基因功能等分析。。近年来在畜禽上，ERV的插入多态挖掘及应用研究也逐渐受到重视，已经逐步应用于畜禽生物多样性、基因进化和分子育种等方面。与SNP，Indel，CNV等分子标记相比，因具有转录起始和调控功能，ERV本身就是一种可移动的基因调控因子，可以改变基因的表达或功能。有观点认为，激活的转座子插入到基因组中，可能会诱导细胞重编程以调节基因表达来对抗和适应不利条件，从而影响到植物的抗病性和适应性。对于TLR基因家族分子标记先前的研究主要集中于SNP等的研究，对于逆转录转座子等大片段的分子标记研究的很少，因此挖掘鉴定猪TLRs家族的重要成员TLR6基因的变异，研究其对天然免疫力的影响，具有重要意义。

发明内容

基于上述原因，本发明通过筛选仔猪天然免疫力相关的TLR6基因的转座子多态分子标记，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪抗病性培育提供基因标记和技术方法。

本发明通过以下技术方案实现：

一种利用猪TLR6基因ERV插入多态提高仔猪天然免疫力的分子标记，其特征在于，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。

进一步的，在SEQ ID NO:1的481-672碱基处为192bp的ERV的LTR插入序列。

一种利用猪TLR6基因ERV插入多态提高仔猪天然免疫力的分子标记的检测方法，该方法包括以下步骤：

根据SEQ ID NO:1的ERV转座子插入多态性位点两侧的序列设计PCR扩增引物；

以待检测猪个体的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；

将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果判定基因型。