[发明专利]一种人免疫球蛋白G的提纯方法有效
申请号: | 202011511032.X | 申请日: | 2020-12-19 |
公开(公告)号: | CN112457399B | 公开(公告)日: | 2023-09-01 |
发明(设计)人: | 钮雪琴 | 申请(专利权)人: | 上海佰君生物科技有限公司 |
主分类号: | C07K16/12 | 分类号: | C07K16/12;C07K1/22;G16B20/00;G16B35/00;G06F30/20;G06F119/14 |
代理公司: | 重庆宏知亿知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 50260 | 代理人: | 张洁 |
地址: | 200137 上海市浦东新区中国*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 免疫球蛋白 提纯 方法 | ||
1.一种人免疫球蛋白G的提纯方法,其特征在于:采用疏水性环状肽配基进行纯化,所述疏水性环状肽配基通过计算机模拟仿生设计方法得到,所述仿生设计方法包括如下步骤:
(1)构建模拟体系:选取PBD数据库ID为1FC2的蛋白A(SpA)-人IgG(hIgG)复合物的晶体构象,提取SpA与人IgG-Fc片段上的CH3结合区域,该结合区域的氨基酸序列为Ser383-Asn389(SNGQPEN),选取该结合区域的三维坐标作为模拟体系的坐标信息;
(2)获取仿生多肽库:用NAMD软件计算Ser383-Asn389序列中各残基之间的距离,以Cys为连接残基,在Cys周围插入5至7个氨基酸残基X,组成环状多肽链-[XXX-C-XXXX]-、-[XX-C-XXXX]-、-[XX-C-XXXXX]-、-[XXX-C-XXX]-、-[XX-C-XXX]-,采用AutoDock分子对接程序进行氨基酸定位,筛选确定氨基酸残基X的种类,X代表除Cys以外的19中常见氨基酸残基,调用GROMOS程序获取包含环状6肽、环状7肽和环状8肽序列的仿生多肽库;
(3)多肽库的初筛:利用LeDock分子对接软件将多肽库中的多肽序列与人IgG-Fc片段进行半柔性分子对接;
(4)多肽库的复筛:利用FlexX软件将步骤(3)初筛得到的多肽序列与Fc片段再次进行半柔性分子对接;
(5)分子动力学模拟筛选:利用Amber软件包对步骤(4)得到的多肽系列进行分子动力学模拟,排除不能与Fc片段稳定结合的多肽序列;
(6)将步骤(5)得到的多肽序列装柱,进行亲和色谱纯化人IgG研究,计算纯化人IgG的纯度和回收率,确定能够与人IgG进行稳定疏水性结合的有效亲和肽配基;
步骤(3)中根据对接打分分数,挑选结合自由能低于-6.0kcal/mol的多肽分子进行下一轮的筛选;
步骤(4)中依据打分分数选取结合自由能低于-7.0kcal/mol的多肽分子进行下一轮的筛选;
步骤(6)中确定的有效亲和肽配基序列为-[HWG-C-AKTE]-、-[YF-C-WRHE]-、-[WV-C-LHHYF]-、-[PYF-C-TIE]-、-[FY-C-DEHL]-。
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